4DGENOME：クロマチン相互作用の包括的なデータベース

動機：ゲノムの3D構造は、遺伝子発現の調節に重要な役割を果たします。クロマチン相互作用のマッピング技術の最近の進歩により、この種の相互作用データが急速に増加しました。この急増した分野での研究が激化するにつれて、この傾向は継続されます。 結果：包括的な文献キュレーションを通じて編集されたクロマチン相互作用データを保存する4DGENOMEデータベースについて説明します。データベースは現在、3C、4C-SEQ、5C、HI-C、CHIA-PET、Capture-Cを含む低スループットアッセイとハイスループットアッセイの両方をカバーしています。実験的アッセイによって検出された一連の相互作用を補完するために、最近開発された計算方法によって予測された相互作用も実証されていることを実証します。現在、データベースには約800万の記録が含まれており、5つの生物の102の細胞/組織タイプをカバーしています。データベース内のレコードは、標準化されたファイル形式を使用して説明され、データ交換が促進されます。相互作用の広大な専攻には、信頼性スコアが割り当てられました。Webインターフェイスを使用して、ユーザーは多くの注釈の寸法を介してデータベースレコードをクエリしてダウンロードできます。クエリの結果は、UCSCゲノムブラウザーへのリンクを介して他のゲノミクスデータセットとともに視覚化できます。4DGenomeは、ゲノムの空間構造と機能の関係を調査するための貴重なリソースになると予想しています。

MOTIVATION: The 3D structure of the genome plays a critical role in regulating gene expression. Recent progress in mapping technologies for chromatin interactions has led to a rapid increase in this kind of interaction data. This trend will continue as research in this burgeoning field intensifies. RESULTS: We describe the 4DGenome database that stores chromatin interaction data compiled through comprehensive literature curation. The database currently covers both low- and high-throughput assays, including 3C, 4C-Seq, 5C, Hi-C, ChIA-PET and Capture-C. To complement the set of interactions detected by experimental assays, we also include interactions predicted by a recently developed computational method with demonstrated high accuracy. The database currently contains ∼8 million records, covering 102 cell/tissue types in five organisms. Records in the database are described using a standardized file format, facilitating data exchange. The vast major of the interactions were assigned a confidence score. Using the web interface, users can query and download database records via a number of annotation dimensions. Query results can be visualized along with other genomics datasets via links to the UCSC genome browser. We anticipate that 4DGenome will be a valuable resource for investigating the spatial structure-and-function relationship of genomes.