HUH7細胞株およびC型肝炎ウイルス感染HUH7細胞株における転写因子3遺伝子を活性化する計算ネットワーク

転写因子3（ATF3）の活性化は、ATFファミリーの適応反応遺伝子です。ATF3活性は、さまざまなストレス関連信号に応じて誘導される場合があり、ATF3はさまざまな細胞プロセスに関与しています。しかし、ヒト肝腫細胞株およびC型肝炎ウイルス感染HUH7（HCV-HUH7）細胞におけるATF3およびその分子ネットワークの機能はよく理解されていません。本研究では、HUH7およびHCV-HUH7細胞株のATF3調節ネットワークが、線形プログラミングベースのGrninferソフトウェアと分子注釈システム3.0ソフトウェアを使用して確立されました。遺伝子発現Omnibus Dataset、GSE20948を分析しました。結果のネットワークは、HUH7およびHCV-HUH7細胞株のATF3の上流と下流に位置するクラスターで構成されていました。注釈、視覚化、統合ディスカバリー（David）ソフトウェア、10の活性化、および2つの阻害濃縮機能アノテーションクラスターを使用して、HCV-HUH7細胞のATF3の下流に同定されました。ただし、HCV-HUH7細胞のATF3の上流で特定された濃縮機能アノテーションクラスターはありませんでした。さらに、HUH7細胞のATF3の下流または上流のクラスターは特定されていません。遺伝子オントロジーの項と京都百科事典とゲノム経路分析により、ATF3は、特に、HCV-HUH7細胞の代謝調節に多くの生物学的プロセスに関与している可能性があることが実証されました。ATF3経路は、HCV感染後のHUH7細胞で活性化される可能性があり、HCV-HUH7細胞のネットワークで潜在的な「ハブ」であると仮定されています。

Activating transcription factor 3 (ATF3) is an adaptive‑response gene of the ATF family. ATF3 activity may be induced in response to a number of different stress-associated signals and ATF3 is involved in a variety of cellular processes. However, the functions of ATF3 and its molecular networks in human hepatoma cells lines and hepatitis C virus-infected Huh7 (HCV-Huh7) cells are not well understood. In the present study, ATF3 regulatory networks in Huh7 and HCV-Huh7 cell lines were established using the linear programming-based GRNinfer software and molecule annotation system 3.0 software. The gene expression omnibus dataset, GSE20948, was analyzed. The resulting network consisted of clusters located upstream and downstream of ATF3 in Huh7 and HCV-Huh7 cell lines. Using the annotation, visualization and integrated discovery (DAVID) software, 10 activation and 2 inhibition enriched functional annotation clusters were identified downstream of ATF3 in HCV-Huh7 cells. However, there were no enriched functional annotation clusters identified upstream of ATF3 in HCV-Huh7 cells. Furthermore, no clusters were identified downstream nor upstream of ATF3 in Huh7 cells. Gene ontology term and Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway analyses demonstrated that ATF3 may be involved in a number of biological processes, in particular, in metabolism regulation in HCV-Huh7 cells. It is hypothesized that the ATF3 pathway may be activated in Huh7 cells following HCV infection and that it is a potential 'hub' in the network of HCV-Huh7 cells.