六倍体小麦（Triticum aestivum l）遺伝子型「中国のばね」の推定的な染色体再編成（ホモロガス染色体に関する遺伝子位置によって明らかにされた」

背景：染色体の再編成は、進化中のゲノムを形作る上で主要な推進力です。以前の研究では、移動した遺伝子が進化の速度が上昇し、これらの遺伝子の周りの再結合頻度が変化する可能性があることが示されています。Triticum urartu、Aegilops tauschii、Brachypodium Distachyon、およびパン小麦の最近リリースされたゲノム配列に基づいて、六loid小麦遺伝子型「中国のばね」（「CS」）における染色体インター型小麦の転座の分析は、個々の染色体アームの配列からの染色体ショットガン配列に基づいて実施されました。この遺伝子型の。 結果：推定上の染色体の再編成を表す合計720の遺伝子が特定されました。それらは42の染色体群に配布されました。これらの移行された遺伝子の約59％は、染色体4a、5a、および7bを含むよく特徴づけられた転座に関与した遺伝子でした。遺伝子の他の41％は、まだ報告されていない多数の推定染色体間再編成を表しています。Dサブゲノムの推定転座イベントの数は、AまたはBサブゲノムのいずれかで提示されたものの約半分でした。これは、AとBサブゲノムの相互作用の時代が、それらのいずれかとDの間でほぼ2倍になったことによく一致しました。サブゲノム。 結論：この研究で検出された多数の染色体インター染色体の再編成の存在の可能性は、シンテニーを使用してシーケンスコンティグを使用する場合、または六倍体小麦の遺伝子をクローニングする場合に注意を払う必要があるというさらなる証拠を提供します。「CS」におけるこれらの推定される転座の識別は、パン小麦とその近縁の全範囲におけるその有無の体系的な評価の基盤も提供します。実践的繁殖に対する系統と進化。

BACKGROUND: Chromosomal rearrangements are a major driving force in shaping genome during evolution. Previous studies show that translocated genes could undergo elevated rates of evolution and recombination frequencies around these genes can be altered. Based on the recently released genome sequences of Triticum urartu, Aegilops tauschii, Brachypodium distachyon and bread wheat, an analysis of interchromosomal translocations in the hexaploid wheat genotype 'Chinese Spring' ('CS') was conducted based on chromosome shotgun sequences from individual chromosome arms of this genotype. RESULTS: A total of 720 genes representing putative interchromosomal rearrangements was identified. They were distributed across the 42 chromosome arms. About 59% of these translocated genes were those involved in the well-characterized translocations involving chromosomes 4A, 5A and 7B. The other 41% of the genes represent a large numbers of putative interchromosomal rearrangements which have not yet been described. The number of the putative translocation events in the D subgenome was about half of those presented in either the A or B subgenomes, which agreed well with that the times of interaction between the A and B subgenomes almost doubled that between either of them and the D subgenome. CONCLUSIONS: The possible existence of a large number of interchromosomal rearrangements detected in this study provide further evidence that caution should be taken when using synteny in ordering sequence contigs or in cloning genes in hexaploid wheat. The identification of these putative translocations in 'CS' also provide a base for a systematic evaluation of their presence or absence in the full spectrum of bread wheat and its close relatives, which could have significant implications in a wide array of fields ranging from studies of systematics and evolution to practical breeding.