レギュレーター：発達研究のための後生動物の転写因子と母体因子のデータベース

背景：遺伝子調節ネットワークと卵細胞質に蓄積する母体因子を構成する転写因子をコードする遺伝子は、発達プロセスで重要な役割を果たす2つのクラスの必須遺伝子です。転写因子は、シス調節要素と相互作用することにより、下流の標的遺伝子の発現を制御します。母体の要因は、初期胚形成中に接合性遺伝子および他のさまざまなイベントの発現を調節することにより、胚発生プログラムを開始します。 結果：この記事では、77の後生動物種の転写因子と、ヒトおよびマウスの母体因子を文書化しています。転写因子のPFAMベースの識別に遺伝子オントロジー情報を追加する統計的アプローチを使用して、以前の方法を改善しました。この方法は、以前に発見されていない転写因子を検出します。このデータベースの新しい特徴は次のとおりです。（1）転写因子と母体因子の両方が含まれていますが、母性因子がリストされている種の数は現時点では限られています。（2）細胞、組織、臓器、およびシステムレベルでの存在論的表現は、開発研究を促進するために特別に設計されています。これはデータベースのユニークな機能であり、他の転写因子データベースでは使用できません。 結論：ユーザーフレンドリーなWebインターフェイス、レギュレーター（http://www.bioinformatics.org/regulator/）。これは、研究者がこの研究で分析されたデータを効率的に特定、検証、視覚化するのに役立つ可能性があります。このWebインターフェイスを使用して、ユーザーは、関心のある種、遺伝子、転写因子ファミリー、または発達的オントロジーの用語に関する詳細情報を閲覧、検索、ダウンロードできます。

BACKGROUND: Genes encoding transcription factors that constitute gene-regulatory networks and maternal factors accumulating in egg cytoplasm are two classes of essential genes that play crucial roles in developmental processes. Transcription factors control the expression of their downstream target genes by interacting with cis-regulatory elements. Maternal factors initiate embryonic developmental programs by regulating the expression of zygotic genes and various other events during early embryogenesis. RESULTS: This article documents the transcription factors of 77 metazoan species as well as human and mouse maternal factors. We improved the previous method using a statistical approach adding Gene Ontology information to Pfam based identification of transcription factors. This method detects previously un-discovered transcription factors. The novel features of this database are: (1) It includes both transcription factors and maternal factors, although the number of species, in which maternal factors are listed, is limited at the moment. (2) Ontological representation at the cell, tissue, organ, and system levels has been specially designed to facilitate development studies. This is the unique feature in our database and is not available in other transcription factor databases. CONCLUSIONS: A user-friendly web interface, REGULATOR ( http://www.bioinformatics.org/regulator/ ), which can help researchers to efficiently identify, validate, and visualize the data analyzed in this study, are provided. Using this web interface, users can browse, search, and download detailed information on species of interest, genes, transcription factor families, or developmental ontology terms.