Neuropep：神経ペプチドの包括的な資源

神経ペプチドは、多くの生理学的プロセスでさまざまな役割を果たし、いくつかの神経系系障害の治療の潜在的な治療標的として機能します。近年、特定された神経ペプチドの数が大幅に増加しています。したがって、我々は、65の神経ペプチドファミリーに属する493の生物に由来する5949の非冗長ニューロペプチドエントリを保持する神経ペプチドの包括的な資源であるニューロペップを開発しました。ニューロペップでは、無脊椎動物と脊椎動物の神経ペプチドの数はそれぞれ3455と2406です。現在、最も完全な神経ペプチドデータベースです。Uniprot、データベース（www.neuropeptides.nl）、およびNeuropediaに堆積したエントリを抽出し、テキストマイニング方法を使用して、Medline Abstractsと全文記事からエントリを取得しました。Neuropepのすべてのエントリは手動でチェックされています。5949（35％）の神経ペプチド配列の2069は、科学文献から収集されました。さらに、Neuropepには、ソース生物、組織の特異性、家族、名前、翻訳後修飾、3D構造（利用可能な場合）、文献参照など、各エントリの詳細な注釈が含まれています。アミノ酸組成、等電点、分子量、およびペプチドのその他の物理化学的特性などのこれらのペプチド配列に由来する情報も提供されています。クイック検索機能により、ユーザーはシーケンス、名前、家族などのキーワードを使用してデータベースを検索できます。また、高度な検索ページは、ユーザーがクエリと論理演算子などのオペレーターを組み合わせることができます。さらに、ブラウジング、シーケンスアライメント、マッピングなどのユーザーフレンドリーなWebツールも、NeuroPEPデータベースに統合されています。データベースURL：http：//isyslab.info/neuropep

Neuropeptides play a variety of roles in many physiological processes and serve as potential therapeutic targets for the treatment of some nervous-system disorders. In recent years, there has been a tremendous increase in the number of identified neuropeptides. Therefore, we have developed NeuroPep, a comprehensive resource of neuropeptides, which holds 5949 non-redundant neuropeptide entries originating from 493 organisms belonging to 65 neuropeptide families. In NeuroPep, the number of neuropeptides in invertebrates and vertebrates is 3455 and 2406, respectively. It is currently the most complete neuropeptide database. We extracted entries deposited in UniProt, the database (www.neuropeptides.nl) and NeuroPedia, and used text mining methods to retrieve entries from the MEDLINE abstracts and full text articles. All the entries in NeuroPep have been manually checked. 2069 of the 5949 (35%) neuropeptide sequences were collected from the scientific literature. Moreover, NeuroPep contains detailed annotations for each entry, including source organisms, tissue specificity, families, names, post-translational modifications, 3D structures (if available) and literature references. Information derived from these peptide sequences such as amino acid compositions, isoelectric points, molecular weight and other physicochemical properties of peptides are also provided. A quick search feature allows users to search the database with keywords such as sequence, name, family, etc., and an advanced search page helps users to combine queries with logical operators like AND/OR. In addition, user-friendly web tools like browsing, sequence alignment and mapping are also integrated into the NeuroPep database. Database URL: http://isyslab.info/NeuroPep