Zfin、ゼブラフィッシュモデル生物データベース：更新と新しい方向

ゼブラフィッシュモデル生物データベース（ZFIN; http://zfin.org）は、ゼブラフィッシュ（ダニオレリオ）研究の遺伝的およびゲノムデータの中心的なリソースです。ZFINスタッフは、出版物からの遺伝子、変異体、遺伝子型、レポーターライン、シーケンス、構造、抗体、ノックダウン試薬、発現パターン、表現型、遺伝子産物機能、およびオルソロジーに関する詳細な情報をキュレートします。研究者は、変異体、トランスジェニック、発現、および表現型データをZFINに直接提出し、ZFINコミュニティWikiを使用して抗体とプロトコル情報を共有できます。データは、トピック固有の検索、新しいサイト全体の検索、およびデータマイニングリソースゼブラフィシュミン（http://zebrafishmine.org）を通じてアクセスできます。データのダウンロードとWebサービスオプションも利用できます。ZFINは、主要なバイオインフォマティクス組織と協力して、ゲノムシーケンスデータを検証および統合し、命名法のサポートを提供し、相互リンクを確立し、データアノテーションと検索に使用される標準化された構造的語彙（オントロジー）の開発に参加します。ZFINキュレーションの遺伝子、機能、発現、および表現型データは、いくつかの複数種リソースでの比較調査に利用できます。ヒト疾患のモデルとしてのゼブラフィッシュの使用は増加しています。ZFINは、3つの主要なプロジェクトでこの成長領域をサポートしています。遺伝子ページから計算されたオーソロジーデータへの簡単なアクセス、変異魚の遺伝子発現パターンの変化のキュレーション、およびヒト疾患のゼブラフィッシュモデルのキュレーションです。

The Zebrafish Model Organism Database (ZFIN; http://zfin.org) is the central resource for genetic and genomic data from zebrafish (Danio rerio) research. ZFIN staff curate detailed information about genes, mutants, genotypes, reporter lines, sequences, constructs, antibodies, knockdown reagents, expression patterns, phenotypes, gene product function, and orthology from publications. Researchers can submit mutant, transgenic, expression, and phenotype data directly to ZFIN and use the ZFIN Community Wiki to share antibody and protocol information. Data can be accessed through topic-specific searches, a new site-wide search, and the data-mining resource ZebrafishMine (http://zebrafishmine.org). Data download and web service options are also available. ZFIN collaborates with major bioinformatics organizations to verify and integrate genomic sequence data, provide nomenclature support, establish reciprocal links, and participate in the development of standardized structured vocabularies (ontologies) used for data annotation and searching. ZFIN-curated gene, function, expression, and phenotype data are available for comparative exploration at several multi-species resources. The use of zebrafish as a model for human disease is increasing. ZFIN is supporting this growing area with three major projects: adding easy access to computed orthology data from gene pages, curating details of the gene expression pattern changes in mutant fish, and curating zebrafish models of human diseases.