[アポフェニアまたはヒトゲノムのパングロッシア分析をエンコード]

2012年9月、エンコード（DNA要素のEncyclopaedia）プロジェクトの結果を提示する30を超える記事のバッチがリリースされました。これらの記事の多くは、2つの最も権威のある学際的な科学雑誌である自然と科学に登場しました。それ以来、エンコードデータのさらなる分析に特化した他の何百もの記事が公開されています。このプロジェクトが明らかなパラダイムシフトをもたらしたため、数億人の科学者の時間と数億ドルが無駄に投資されませんでした。古典的な見解とは反対に、ヒトゲノムの80％はジャンクDNAではなく機能的です。この仮説は、進化的生物学者によって批判されており、時には熱心に、そして詳細な反論が専門のジャーナルに掲載されており、ゲノムアーキテクチャの理解に対するENCODEプロジェクトの主な貢献を発表した影響要因をはるかに下回っています。2014年、エンコードコンソーシアムは、ゲノムの80％が機能的であることを示唆しておらず、2012年の科学的ブレークスルーの消失についてコメントした記事の新しいバッチをリリースしました。残念ながら、その時までに、多くの生物学者は、ゲノムの80％が機能的である、または少なくともこの考えはそうではないという長い進化の遺伝的見解に代わる有効な代替手段であるという考えを受け入れていました。ゲノムのダイナミクスを理解するためには、進化遺伝学の基本を再検討する必要があります。なぜなら、それらは、それらが十分に確立されているだけでなく、エンコードのパングロシアの解釈の落とし穴を避けることもできるからです。実際、ゲノムのアーキテクチャとそのダイナミクスは、さまざまな進化力の間のトレードオフの産物であり、多くの構造的特徴は機能特性に関連していません。言い換えれば、進化はすべての世界の最高のものを生み出すのではなく、すべての可能な世界の中で最高ではなく、可能な世界の1つだけです。

In September 2012, a batch of more than 30 articles presenting the results of the ENCODE (Encyclopaedia of DNA Elements) project was released. Many of these articles appeared in Nature and Science, the two most prestigious interdisciplinary scientific journals. Since that time, hundreds of other articles dedicated to the further analyses of the Encode data have been published. The time of hundreds of scientists and hundreds of millions of dollars were not invested in vain since this project had led to an apparent paradigm shift: contrary to the classical view, 80% of the human genome is not junk DNA, but is functional. This hypothesis has been criticized by evolutionary biologists, sometimes eagerly, and detailed refutations have been published in specialized journals with impact factors far below those that published the main contribution of the Encode project to our understanding of genome architecture. In 2014, the Encode consortium released a new batch of articles that neither suggested that 80% of the genome is functional nor commented on the disappearance of their 2012 scientific breakthrough. Unfortunately, by that time many biologists had accepted the idea that 80% of the genome is functional, or at least, that this idea is a valid alternative to the long held evolutionary genetic view that it is not. In order to understand the dynamics of the genome, it is necessary to re-examine the basics of evolutionary genetics because, not only are they well established, they also will allow us to avoid the pitfall of a panglossian interpretation of Encode. Actually, the architecture of the genome and its dynamics are the product of trade-offs between various evolutionary forces, and many structural features are not related to functional properties. In other words, evolution does not produce the best of all worlds, not even the best of all possible worlds, but only one possible world.