高親和性リガンドエンジニアリングのためにPDBから採掘された45アミノ酸足場

小タンパク質リガンドは、抗体と比較して優れた生理学的分布を提供し、安定性、生産、および特定の共役の改善を提供できます。PDBの系統的評価では、安定した高親和性リガンドの小さなサイズと堅牢な進化の限界を押し上げる足場を特定しました：45-レシドT7ファージ遺伝子2タンパク質（GP2）には、2つの隣接するループを持つβシートの反対側のαヘリックスが含まれています。突然変異へ。10（8）変異体からのde novoリガンドの発見と4つのターゲットへの監督の進化により、200±100 pm、65°C±3°Cから80°C±1°CのTMSの親和性を持つターゲット固有のバインダーが得られました。熱変性後の保持活性。癌標的の場合、表皮成長因子受容体のGP2ドメインは、18±8 nmの親和性、受容体特異的結合、および繰り返しの高い熱安定性で進化しました。進化する新しい結合関数の効率と、進化したドメインのサイズ、親和性、特異性、および安定性により、GP2は独自の効果的なリガンド足場になります。

Small protein ligands can provide superior physiological distribution compared with antibodies, and improved stability, production, and specific conjugation. Systematic evaluation of the PDB identified a scaffold to push the limits of small size and robust evolution of stable, high-affinity ligands: 45-residue T7 phage gene 2 protein (Gp2) contains an α helix opposite a β sheet with two adjacent loops amenable to mutation. De novo ligand discovery from 10(8) mutants and directed evolution toward four targets yielded target-specific binders with affinities as strong as 200 ± 100 pM, Tms from 65 °C ± 3 °C to 80°C ± 1 °C, and retained activity after thermal denaturation. For cancer targeting, a Gp2 domain for epidermal growth factor receptor was evolved with 18 ± 8 nM affinity, receptor-specific binding, and high thermal stability with refolding. The efficiency of evolving new binding function and the size, affinity, specificity, and stability of evolved domains render Gp2 a uniquely effective ligand scaffold.