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背景：miRNAおよびその他の小さな非コードRNA（SNCRNA）は、転写後遺伝子調節の重要なプレーヤーです。HIV-1由来の小さな非コードRNA（SNCRNA）はHIV-1感染細胞で報告されていますが、その生物学的機能はまだ解明されていません。ここでは、ウイルスSNCRNAがRNA干渉（RNAI）経路で役割を果たす可能性があるかどうか、またはウイルスmRNAがヒト単球由来のマクロファージ（MDM）の細胞miRNAによって標的となるかどうかという疑問にアプローチしました。 方法：ウイルスSNCRNAおよび/またはその標的RNAのRNA誘導サイレンシング複合体への取り込みを、光活性化可能なリボヌクレオシド誘発架橋および免疫沈降（PARクリップ）、および架橋によって分離したRNAのハイスループット配列を使用して調査しましたArgonaute2結合miRNAとそのターゲットRNAをキャプチャする免疫沈降（HITS-CLIP）。HIV-1に感染した単球由来マクロファージ（MDM）は、以前にHIV-1 SNCRNAを発現することが示されているため、標的細胞として選択されました。さらに、小型RNAディープシーケンスを適用して、HIV-1感染と非感染MDMにおけるHIV-1の異なる細胞miRNA発現を研究しました。 結果と結論：PARクリップとヒットクリップデータは、HIV-1に感染したMDMSに多数のHIV-1 SNCRNAの存在が小さなRNAシーケンスによって確認されましたが、PARクリップとヒットクリップデータはAgo2-RISCにHIV-1 RNAの欠如を示しました。小さなRNAシーケンスにより、すべてのSNCRNAの1.4％がHIV-1起源であることが明らかになりました。ただし、HIV-1由来のSNCRNAも、HIV-1 SNCRNAが標準的なRNAi経路に関与していないことも、HIV-1感染した経路でHIV-1が標的であることを示唆するHIV-1由来HIV-1標的配列も同定されていません。マクロファージ。
背景：miRNAおよびその他の小さな非コードRNA（SNCRNA）は、転写後遺伝子調節の重要なプレーヤーです。HIV-1由来の小さな非コードRNA（SNCRNA）はHIV-1感染細胞で報告されていますが、その生物学的機能はまだ解明されていません。ここでは、ウイルスSNCRNAがRNA干渉（RNAI）経路で役割を果たす可能性があるかどうか、またはウイルスmRNAがヒト単球由来のマクロファージ（MDM）の細胞miRNAによって標的となるかどうかという疑問にアプローチしました。 方法：ウイルスSNCRNAおよび/またはその標的RNAのRNA誘導サイレンシング複合体への取り込みを、光活性化可能なリボヌクレオシド誘発架橋および免疫沈降（PARクリップ）、および架橋によって分離したRNAのハイスループット配列を使用して調査しましたArgonaute2結合miRNAとそのターゲットRNAをキャプチャする免疫沈降（HITS-CLIP）。HIV-1に感染した単球由来マクロファージ（MDM）は、以前にHIV-1 SNCRNAを発現することが示されているため、標的細胞として選択されました。さらに、小型RNAディープシーケンスを適用して、HIV-1感染と非感染MDMにおけるHIV-1の異なる細胞miRNA発現を研究しました。 結果と結論：PARクリップとヒットクリップデータは、HIV-1に感染したMDMSに多数のHIV-1 SNCRNAの存在が小さなRNAシーケンスによって確認されましたが、PARクリップとヒットクリップデータはAgo2-RISCにHIV-1 RNAの欠如を示しました。小さなRNAシーケンスにより、すべてのSNCRNAの1.4％がHIV-1起源であることが明らかになりました。ただし、HIV-1由来のSNCRNAも、HIV-1 SNCRNAが標準的なRNAi経路に関与していないことも、HIV-1感染した経路でHIV-1が標的であることを示唆するHIV-1由来HIV-1標的配列も同定されていません。マクロファージ。
BACKGROUND: MiRNAs and other small noncoding RNAs (sncRNAs) are key players in post-transcriptional gene regulation. HIV-1 derived small noncoding RNAs (sncRNAs) have been described in HIV-1 infected cells, but their biological functions still remain to be elucidated. Here, we approached the question whether viral sncRNAs may play a role in the RNA interference (RNAi) pathway or whether viral mRNAs are targeted by cellular miRNAs in human monocyte derived macrophages (MDM). METHODS: The incorporation of viral sncRNAs and/or their target RNAs into RNA-induced silencing complex was investigated using photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) as well as high-throughput sequencing of RNA isolated by cross-linking immunoprecipitation (HITS-CLIP), which capture Argonaute2-bound miRNAs and their target RNAs. HIV-1 infected monocyte-derived macrophages (MDM) were chosen as target cells, as they have previously been shown to express HIV-1 sncRNAs. In addition, we applied small RNA deep sequencing to study differential cellular miRNA expression in HIV-1 infected versus non-infected MDMs. RESULTS AND CONCLUSION: PAR-CLIP and HITS-CLIP data demonstrated the absence of HIV-1 RNAs in Ago2-RISC, although the presence of a multitude of HIV-1 sncRNAs in HIV-1 infected MDMs was confirmed by small RNA sequencing. Small RNA sequencing revealed that 1.4% of all sncRNAs were of HIV-1 origin. However, neither HIV-1 derived sncRNAs nor putative HIV-1 target sequences incorporated into Ago2-RISC were identified suggesting that HIV-1 sncRNAs are not involved in the canonical RNAi pathway nor is HIV-1 targeted by this pathway in HIV-1 infected macrophages.
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