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非標識：次世代シーケンス技術の新しいアプリケーションは、複数の個人からのDNAプールを使用して、集団の遺伝的パラメーターを推定します。ただし、ヌクレオチドの多様性や遺伝子多様性を含む自然選択の検出に重要な進化パラメーターの結果を直接呼び出す単一ヌクレオチド多型（SNP）を分析するための公開されたツールは存在しません。このギャップを埋めるためにSnpgenieを開発しました。ユーザーは、FASTAリファレンスシーケンス、CDS情報を使用した遺伝子転送形式（.GTF）ファイル、およびフォーマットの選択の増加でSNPレポートを提出します。このプログラムは、ヌクレオチドの多様性、参照からの距離、および遺伝子多様性を推定します。サイトは、複数の重複した読み取りフレームにフラグが付けられ、多型タイプ：非同義語、同義語、または曖昧なタイプによって分類されます。この結果、単一ヌクレオチド、単一コドン、スライド窓、全遺伝子、および全ゲノム/集団分析を可能にし、ソース集団の陽性および精製自然選択の検出に役立ちます。 可用性と実装：SNPGenieバージョン1.2は、追加の依存関係がないPERLプログラムです。無料でオープンソースで、https：//github.com/hugheslab/snpgenieでダウンロードできます。 連絡先：nelsoncw@email.sc.eduまたはaustin@biol.sc.edu 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。
非標識：次世代シーケンス技術の新しいアプリケーションは、複数の個人からのDNAプールを使用して、集団の遺伝的パラメーターを推定します。ただし、ヌクレオチドの多様性や遺伝子多様性を含む自然選択の検出に重要な進化パラメーターの結果を直接呼び出す単一ヌクレオチド多型（SNP）を分析するための公開されたツールは存在しません。このギャップを埋めるためにSnpgenieを開発しました。ユーザーは、FASTAリファレンスシーケンス、CDS情報を使用した遺伝子転送形式（.GTF）ファイル、およびフォーマットの選択の増加でSNPレポートを提出します。このプログラムは、ヌクレオチドの多様性、参照からの距離、および遺伝子多様性を推定します。サイトは、複数の重複した読み取りフレームにフラグが付けられ、多型タイプ：非同義語、同義語、または曖昧なタイプによって分類されます。この結果、単一ヌクレオチド、単一コドン、スライド窓、全遺伝子、および全ゲノム/集団分析を可能にし、ソース集団の陽性および精製自然選択の検出に役立ちます。 可用性と実装：SNPGenieバージョン1.2は、追加の依存関係がないPERLプログラムです。無料でオープンソースで、https：//github.com/hugheslab/snpgenieでダウンロードできます。 連絡先：nelsoncw@email.sc.eduまたはaustin@biol.sc.edu 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。
UNLABELLED: New applications of next-generation sequencing technologies use pools of DNA from multiple individuals to estimate population genetic parameters. However, no publicly available tools exist to analyse single-nucleotide polymorphism (SNP) calling results directly for evolutionary parameters important in detecting natural selection, including nucleotide diversity and gene diversity. We have developed SNPGenie to fill this gap. The user submits a FASTA reference sequence(s), a Gene Transfer Format (.GTF) file with CDS information and a SNP report(s) in an increasing selection of formats. The program estimates nucleotide diversity, distance from the reference and gene diversity. Sites are flagged for multiple overlapping reading frames, and are categorized by polymorphism type: nonsynonymous, synonymous, or ambiguous. The results allow single nucleotide, single codon, sliding window, whole gene and whole genome/population analyses that aid in the detection of positive and purifying natural selection in the source population. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: SNPGenie version 1.2 is a Perl program with no additional dependencies. It is free, open-source, and available for download at https://github.com/hugheslab/snpgenie. CONTACT: nelsoncw@email.sc.edu or austin@biol.sc.edu SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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