NMRを使用したタンパク質リガンド相互作用の調査の概要

核磁気共鳴（NMR）は、タンパク質リガンド相互作用の研究と特性評価のための強力な手法です。このユニットでは、タンパク質のNMRスペクトルが観察される実験（タンパク質に染色されたNMR実験）と、バインドパートナーの同定のためにリガンドのNMRスペクトルが観察される実験と、リガンドに染色されたNMR実験）の両方をレビューします。タンパク質リガンド親和性、タンパク質などの生物学的標的に対して活性な分子の設計、およびリガンドの結合モードの評価。このユニットで議論されているリガンド観測方法は、核移植の違い、勾配分光法（水浸透体）を介して観察される水リガンドなどのよく知られている実験を伴う核オーバーハウザー効果（NOE）ベースのアプローチであり、核のオーバーホイザー効果分光法（tr-noesy）実験、およびinpharma実験。タンパク質観測実験に関して、このユニットは、リガンド結合時にタンパク質NMRスペクトルで観察される化学シフト摂動の使用に焦点を当てています。また、これらの化学シフト摂動を、ドッキングと組み合わせたときの高速構造決定を含む、タンパク質 - リガンド複合体の分析にどのように使用できるかについても説明します。

Nuclear magnetic resonance (NMR) is a powerful technique for the study and characterization of protein-ligand interactions. In this unit we review both experiments where the NMR spectrum of the protein is observed (protein-observed NMR experiments) and those where the NMR spectra of the ligand is observed (ligand-observed NMR experiments) for the identification of binding partners, the measurement of protein-ligand affinity, the design of molecules that are active against biological targets such as proteins, and the assessment of the binding modes of the ligands. Ligand-observed methods discussed in this unit are Nuclear Overhauser Effect (NOE)-based approaches, with well-known experiments such as the Saturation Transfer Difference, Water-Ligand Observed via Gradient Spectroscopy (WaterLOGSY), and transferred-Nuclear Overhauser Effect Spectroscopy (tr-NOESY) experiments, and also the INPHARMA experiment. Regarding protein-observed experiments, this unit focuses on the use of chemical shift perturbations observed in protein-NMR spectra upon ligand binding. Also discussed is how these chemical shift perturbations can be used for the analysis of protein-ligand complexes, including fast structure determination when combined with docking.