GC Skewは、脊椎動物を横切るメチル化されていないCPG島プロモーターの保存された特性です

GCスキューは、グアニンとシトシンの分布における鎖非対称性の尺度です。GC Skewは、DNAの1つの鎖にRNA鎖をアニーリングすると形成され、持続性RNA：DNAハイブリッドを作成する3つの鎖核酸構造であるRループを好みます。以前の研究では、GCスキューは、Rループ形成のホットスポットに対応する数千のヒトCPG島（CGI）プロモーターと転写終了領域で一般的であることが示されています。ここでは、60のシーケンスされた和音ゲノムにおけるGCスキューパターンの保存を調査しました。GC Skewは、脊椎動物のCGIプロモータークラスの特徴的な保存された配列であると報告しています。さらに、プロモーターGCスキューがエクソン1/イントロン接合部でピークに達し、遺伝子年齢とCGIプロモーター強度と高度に相関していることが明らかになりました。また、我々のデータは、GCスキューが脊椎動物種の範囲でメチル化されていないCGIプロモーターを予測し、中間CPG密度を持つプロモーターに有意なDNA低メチル化を与えることを示しています。最後に、末端GCスキューは、転写終了におけるRループ形成の役割と一致して、下流の隣接体にかなり近い位置に位置する傾向がある脊椎動物遺伝子のサブセットのために保存されていることが観察されました。

GC skew is a measure of the strand asymmetry in the distribution of guanines and cytosines. GC skew favors R-loops, a type of three stranded nucleic acid structures that form upon annealing of an RNA strand to one strand of DNA, creating a persistent RNA:DNA hybrid. Previous studies show that GC skew is prevalent at thousands of human CpG island (CGI) promoters and transcription termination regions, which correspond to hotspots of R-loop formation. Here, we investigated the conservation of GC skew patterns in 60 sequenced chordates genomes. We report that GC skew is a conserved sequence characteristic of the CGI promoter class in vertebrates. Furthermore, we reveal that promoter GC skew peaks at the exon 1/ intron1 junction and that it is highly correlated with gene age and CGI promoter strength. Our data also show that GC skew is predictive of unmethylated CGI promoters in a range of vertebrate species and that it imparts significant DNA hypomethylation for promoters with intermediate CpG densities. Finally, we observed that terminal GC skew is conserved for a subset of vertebrate genes that tend to be located significantly closer to their downstream neighbors, consistent with a role for R-loop formation in transcription termination.