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Mitochondrial DNA. Part A, DNA mapping, sequencing, and analysis2016Sep01Vol.27issue(5)

アメリカのフラミンゴの完全なミトコンドリアゲノム、Phoenicopterus ruber(Phoenicopteriformes、Phoenicopteridae)

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文献タイプ:
  • Journal Article
概要
Abstract

アメリカのフラミンゴ、フェニコプタースルーバー(P.ルーバー)は、より大きなフラミンゴとチリのフラミンゴに密接に関連するフラミンゴの大きな種です。この論文では、P。ruberの完全なミトコンドリアゲノム配列が初めて組み立てられました。長さは17 476 bpで、13の典型的な脊椎動物タンパク質コード遺伝子、22のTRNA遺伝子、2つのRRNA遺伝子、2つのコントロール領域で構成されていました。COIおよびND3遺伝子は、それぞれGTGとATCを開始コドンとして使用しましたが、残りのタンパク質コーディング遺伝子は正統派ATGコドンでエンコードされました。2つのトリプレットコドン(TAA、AGG)と1つの単一のTベースが停止コドンとして使用されました。全体的な遺伝子と非コード領域の配置は、同じFlamingo phoenicopterus roseus属と同じでした。ATコンテンツ(54.27%)はGCコンテンツよりも高かった。系統解析は、この新しいミトコンドリアゲノムの責任と有用性を検証した同じNeognathaeの他の11種と組み合わせた12のタンパク質コード遺伝子を使用して実行されました。

アメリカのフラミンゴ、フェニコプタースルーバー(P.ルーバー)は、より大きなフラミンゴとチリのフラミンゴに密接に関連するフラミンゴの大きな種です。この論文では、P。ruberの完全なミトコンドリアゲノム配列が初めて組み立てられました。長さは17 476 bpで、13の典型的な脊椎動物タンパク質コード遺伝子、22のTRNA遺伝子、2つのRRNA遺伝子、2つのコントロール領域で構成されていました。COIおよびND3遺伝子は、それぞれGTGとATCを開始コドンとして使用しましたが、残りのタンパク質コーディング遺伝子は正統派ATGコドンでエンコードされました。2つのトリプレットコドン(TAA、AGG)と1つの単一のTベースが停止コドンとして使用されました。全体的な遺伝子と非コード領域の配置は、同じFlamingo phoenicopterus roseus属と同じでした。ATコンテンツ(54.27%)はGCコンテンツよりも高かった。系統解析は、この新しいミトコンドリアゲノムの責任と有用性を検証した同じNeognathaeの他の11種と組み合わせた12のタンパク質コード遺伝子を使用して実行されました。

The American flamingo, Phoenicopterus ruber (P. ruber), is a large species of flamingo closely related to the greater flamingo and Chilean flamingo. In this paper, the complete mitochondrial genome sequence of P. ruber has been assembled for the first time. It was 17 476 bp in length and consisted of 13 typical vertebrate protein-coding genes, 22 tRNA genes, 2 rRNA genes and 2 control regions. COI and ND3 genes used GTG and ATC as start codons respectively, but the remaining protein-coding genes were encoded beginning with orthodox ATG codon. Two triplet codons (TAA, AGG) and one single T base were employed as stop codons. The arrangement of the overall genes and noncoding regions was identical to the same genus flamingo Phoenicopterus roseus. The AT content (54.27%) was higher than the GC content. Phylogenetic analysis was performed using 12 protein-coding genes, combined with other 11 species from the same Neognathae, which validated the responsibility and utility of this new mitochondrial genome.

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