ドラフトゲノムアセンブリと予測された潮間帯ロフォトロコゾー族のマイクロRNA補体膝蓋骨（軟体動物、パテロガストロポダ）およびスピロブランチャス（ポマトセロス）ラマルッキ（Annelida、Serpulida）

MicroRNA（miRNA）は、遺伝子発現レベルを調節するために転写後に作用する小さな非コードRNAです。いくつかの研究は、マイクロRNAがホモプラシーが低い可能性があることを示しており、その結果、MicroRNAファミリーの系統発生分布が動物の進化関係を研究するために使用されていることが示されています。ただし、限られたレベルの系統サンプリングは、そのような分析を歪める可能性があります。Lophotrochozoaは、軟体動物、併用類、Nemerteansなどを含むサンプルされていない分類群です。ここでは、Limpet Patella vulgataとPolychaete Spirobranchus（Pomatoceros）Lamarckiの2つの新しいドラフトゲノムを提示します。既知のマイクロRNAのこれらのゲノムを調査すると、他の系統に限定されていると考えられている数を含む多くの潜在的なオーソログが特定されます。RT-PCRは、これらのいくつか（miR-1285、miR-1287、miR-1957、miR-1983、miR-3533）が以前に脊椎動物でのみ発見されていると考えられていたことを示しています。この研究は、2つのロフォトロコゾンのゲノムリソースを提供し、より制限されたサンプリングによって隠される可能性のあるマイクロRNA進化のパターンを明らかにします。

MicroRNAs (miRNA) are small non-coding RNAs that act post-transcriptionally to regulate gene expression levels. Some studies have indicated that microRNAs may have low homoplasy, and as a consequence the phylogenetic distribution of microRNA families has been used to study animal evolutionary relationships. Limited levels of lineage sampling, however, may distort such analyses. Lophotrochozoa is an under-sampled taxon that includes molluscs, annelids and nemerteans, among other phyla. Here, we present two novel draft genomes, those of the limpet Patella vulgata and polychaete Spirobranchus (Pomatoceros) lamarcki. Surveying these genomes for known microRNAs identifies numerous potential orthologues, including a number that have been considered to be confined to other lineages. RT-PCR demonstrates that some of these (miR-1285, miR-1287, miR-1957, miR-1983 and miR-3533), previously thought to be found only in vertebrates, are expressed. This study provides genomic resources for two lophotrochozoans and reveals patterns of microRNA evolution that could be hidden by more restricted sampling.