調節DNAの機能的フットプリント

調節領域は、複数の転写因子（TF）認識部位を抱いています。ただし、規制機能への個々のサイトの貢献は、定義するのが困難なままです。ヌクレオチド分解能で調節DNA内の機能的要素をマッピングするために、ゲノム編集誘発二本鎖切断修復の誤りが発生しやすい性質を活用するアプローチについて説明します。ヒトの赤血球エンハンサーに関するアプローチを実証し、下流の調節機能の大部分を把握する単一のTF認識部位を明らかにします。

Regulatory regions harbor multiple transcription factor (TF) recognition sites; however, the contribution of individual sites to regulatory function remains challenging to define. We describe an approach that exploits the error-prone nature of genome editing-induced double-strand break repair to map functional elements within regulatory DNA at nucleotide resolution. We demonstrate the approach on a human erythroid enhancer, revealing single TF recognition sites that gate the majority of downstream regulatory function.