Pubchemの物質と複合データベース

Pubchem（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov）は、化学物質とその生物活動に関する情報の公開リポジトリであり、2004年に米国国立衛生研究所の分子図書館ロードマップイニシアチブのコンポーネントとして開始されました（NIH（アメリカ国立衛生研究所）。過去11年間、Pubchemはかなりのシステムに成長し、科学研究コミュニティの化学情報リソースとして機能しています。Pubchemは、3つの相互リンクされたデータベース、物質、化合物、およびバイオアッセイで構成されています。Substanceデータベースには、Pubchemに個々のデータ貢献者によって堆積した化学情報が含まれており、化合物データベースには、Substanceデータベースから抽出された一意の化学構造が含まれています。アッセイ実験でテストされた化学物質の生物活性データは、バイオアッセイデータベースに含まれています。このペーパーでは、データソースとコンテンツ、データ組織、PubChemアップロードを使用したデータ組織、化学構造の標準化、テキストおよび非テキスト検索用のWebベースのインターフェイス、プログラムアクセスなど、PubChemの物質と複合データベースの概要を説明します。また、pubchem3dの簡単な説明を提供します。これは、pubchemの化合物の理論的な3次元構造から派生したリソース、およびpubchemrdf、リソース説明フレームワーク（RDF）に基づいたPubchemデータと、他のものに含まれる情報とのデータ共有、分析、統合のためのデータ共有、分析、統合データベース。

PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) is a public repository for information on chemical substances and their biological activities, launched in 2004 as a component of the Molecular Libraries Roadmap Initiatives of the US National Institutes of Health (NIH). For the past 11 years, PubChem has grown to a sizable system, serving as a chemical information resource for the scientific research community. PubChem consists of three inter-linked databases, Substance, Compound and BioAssay. The Substance database contains chemical information deposited by individual data contributors to PubChem, and the Compound database stores unique chemical structures extracted from the Substance database. Biological activity data of chemical substances tested in assay experiments are contained in the BioAssay database. This paper provides an overview of the PubChem Substance and Compound databases, including data sources and contents, data organization, data submission using PubChem Upload, chemical structure standardization, web-based interfaces for textual and non-textual searches, and programmatic access. It also gives a brief description of PubChem3D, a resource derived from theoretical three-dimensional structures of compounds in PubChem, as well as PubChemRDF, Resource Description Framework (RDF)-formatted PubChem data for data sharing, analysis and integration with information contained in other databases.