セルロDNA分析：LMPCRフットプリント

タンパク質DNA相互作用とクロマチン構造のセルロ分析は、遺伝子発現の調節に関与するメカニズムをよりよく理解するために非常に重要です。転写因子に結合したヌクレアーゼの硬膜感受性部位と配列は、しばしば遺伝的調節要素に対応しています。ライゲーションを介したポリメラーゼ連鎖反応（LMPCR）技術を使用して、これらのDNA配列を正確に分析して、生細胞に直接DNAタンパク質相互作用または異常なDNA構造の存在を示すことができます。実際、理想的なクロマチン基質は、もちろん無傷の細胞内に見られます。LMPCRは、DNA一本鎖切断を解像度のシーケンスレベルでマッピングするゲノムシーケンス手法であり、ヒトを含む複雑な動物ゲノムを調査するために使用できるため、CelluloフットプリントおよびDNA構造研究の選択方法です。この章では、詳細な従来のLMPCRプロトコルと自動化されたLMPCRプロトコルを示します。

The in cellulo analysis of protein-DNA interactions and chromatin structure is very important to better understand the mechanisms involved in the regulation of gene expression. The nuclease-hypersensitive sites and sequences bound by transcription factors often correspond to genetic regulatory elements. Using the ligation-mediated polymerase chain reaction (LMPCR) technology, it is possible to precisely analyze these DNA sequences to demonstrate the existence of DNA-protein interactions or unusual DNA structures directly in living cells. Indeed, the ideal chromatin substrate is, of course, found inside intact cells. LMPCR, a genomic sequencing technique that map DNA single-strand breaks at the sequence level of resolution, is the method of choice for in cellulo footprinting and DNA structure studies because it can be used to investigate complex animal genomes, including human. The detailed conventional and automated LMPCR protocols are presented in this chapter.