RNA-seqデータの代替スプライシングシグネチャ：（psi）でスプライスされた割合

タンパク質の多様性を高めるために、数千の代替エクソンがメッセンジャーRNAからスプライスされています。短いcDNAフラグメント（RNA-seq）のハイスループットシーケンスは、これらの転写後プロセスのゲノム全体のスナップショットを生成します。RNA-seqは、既知または未知のスプライス部位の使用法とエクソンの発現レベルを明らかにすることにより、代替スプライシングの調節に関する洞察を生み出します。構成的なエクソンは分割アライメントで覆われることはありませんが、代替のエクソン部品は高度に発現したスプライシングジャンクション内にあります。インデックス（PSI）でスプライスされたパーセントとも呼ばれるエクソンを含むまたは除外する読み取り間の比率は、目的のシーケンスが転写産物にどれだけ効率的にスプライスされるかを示します。このプロトコルは、スプライシングパターンの事前の知識なしにPSIを計算する方法を説明しています。これは、微分アイソフォーム処理を識別する他のツールと統合できるエクソン使用量の定量的でグローバルな評価を提供します。遺伝的遺伝子座に沿った新規で複雑なスプライシングイベントは、エクソン中心の方法で視覚化され、条件全体で比較できます。

Thousands of alternative exons are spliced out of messenger RNA to increase protein diversity. High-throughput sequencing of short cDNA fragments (RNA-seq) generates a genome-wide snapshot of these post-transcriptional processes. RNA-seq reads yield insights into the regulation of alternative splicing by revealing the usage of known or unknown splice sites as well as the expression level of exons. Constitutive exons are never covered by split alignments, whereas alternative exonic parts are located within highly expressed splicing junctions. The ratio between reads including or excluding exons, also known as percent spliced in index (PSI), indicates how efficiently sequences of interest are spliced into transcripts. This protocol describes a method to calculate the PSI without prior knowledge of splicing patterns. It provides a quantitative, global assessment of exon usage that can be integrated with other tools that identify differential isoform processing. Novel, complex splicing events along a genetic locus can be visualized in an exon-centric manner and compared across conditions.