中国上海におけるコックスサッキヴイルスA21の分子特性評価

Coxsackievirus A21（CV-A21）は、種エンテロウイルスC（EV-C）に属する血清型がめったに検出されないことです。この研究では、1997年から2013年に中国の山東省におけるCV-A21の分離と遺伝的特性評価を報告します。急性弛緩麻痺（AFP）（n = 9）の症例の監視から合計13株が得られました。環境下水から（n = 4）。VP1遺伝子の配列比較により、17年の期間中のこれらの山東株において、ヌクレオチド配列類似性が高い（94.1％から99.8％同一性）が明らかになり、外部株に対する75.8％から98.5％の配列同一性が明らかになりました。シャンドンおよびグローバルCV-A21 VP1シーケンスのベイジアン系統発生的解析により、推定されたCV-A21先祖配列は1750年（1643-1841）にさかのぼり、1年あたり2.943×10（-3）の置換で進化したことが明らかになりました。推定されたVP1アミノ酸配列の整列により、エンコードされたタンパク質の水腫度を変える可能性のある変化が明らかになりました。2013年の1つの株の完全なゲノムが配列決定され、組換えの証拠が類似性プロットとブーツカンニング分析によって検出されました。この研究では、中国におけるCV-A21の完全なゲノム特性と分子疫学について説明し、CV-A21の進化に関するさらなる洞察を与えます。

Coxsackievirus A21 (CV-A21) is a rarely detected serotype belonging to the species Enterovirus C (EV-C). In this study, we report the isolation and genetic characterization of CV-A21 in Shandong Province, China, during 1997 to 2013. A total of 13 strains were obtained from surveillance of cases of acute flaccid paralysis (AFP) (n = 9) and from environmental sewage (n = 4). Sequence comparison of the VP1 genes revealed high nucleotide sequence similarity (94.1 % to 99.8 % identity) among these Shandong strains during the period of 17 years and 75.8 % to 98.5 % sequence identity to foreign strains. Bayesian phylodynamic evolutionary analysis of Shandong and global CV-A21 VP1 sequences revealed that the inferred CV-A21 ancestral sequence dated back to 1750 (1643-1841) and evolved with 2.943 × 10(-3) substitutions per site per year. Alignment of the deduced VP1 amino acid sequences revealed changes that might alter the hydropathicity of the encoded protein. The complete genome of one strain from 2013 was sequenced and evidence of recombination was detected by similarity plot and bootscanning analyses. This study describes the complete genome characterization and molecular epidemiology of CV-A21 in China and gives further insight into CV-A21 evolution.