Eggnog 45：真核生物、原核生物、ウイルスシーケンスの機能的注釈が改善された階層的なオーソロジーフレームワーク

Eggnogは、さまざまな分類学的レベルでタンパク質のオーソロガスグループ（OG）を提供する公共リソースであり、それぞれに統合された機能的注釈が統合され、要約されています。開発の最新の公開以来の開発には、分類学的レベル全体でOGSを作成するためのアルゴリズムの変更が含まれ、ネストされたグループが階層的に一貫性をもたらします。これにより、ネストされたOG全体で機能用語のより良い伝播が可能になり、以前に特徴付けられていない95 890の新規注釈が導かれ、全体的な注釈が67％から72％に増加しました。OGの機能的注釈は、各グループに遺伝子オントロジーの用語、KEGG経路、SMART/PFAMドメインも提供するように拡張されています。さらに、Eggnogは現在、系統樹の分析に基づいてOGS内でペアワイズオーソロジー関係を提供しています。また、事前計算されたHMMプロファイルに基づいて、新しいシーケンスをOGSにすばやくマッピングするためのフレームワークを組み込みました。最後に、Eggnogバージョン4.5には、352のウイルスプロテオームの5228個のタンパク質をカバーする2605ウイルスOGSにまたがる新しいデータセットが組み込まれています。すべてのデータには、Webサービスとして、および完全に再設計されたWebインターフェイスを介して、バルクダウンロードにアクセスできます。新しいアクセスポイントは、より速い検索と多数の新しいブラウジングと視覚化機能を提供し、専門家と経験の少ないユーザーの両方のニーズを促進します。Eggnog V4.5はhttp://eggnog.embl.deで入手できます。

eggNOG is a public resource that provides Orthologous Groups (OGs) of proteins at different taxonomic levels, each with integrated and summarized functional annotations. Developments since the latest public release include changes to the algorithm for creating OGs across taxonomic levels, making nested groups hierarchically consistent. This allows for a better propagation of functional terms across nested OGs and led to the novel annotation of 95 890 previously uncharacterized OGs, increasing overall annotation coverage from 67% to 72%. The functional annotations of OGs have been expanded to also provide Gene Ontology terms, KEGG pathways and SMART/Pfam domains for each group. Moreover, eggNOG now provides pairwise orthology relationships within OGs based on analysis of phylogenetic trees. We have also incorporated a framework for quickly mapping novel sequences to OGs based on precomputed HMM profiles. Finally, eggNOG version 4.5 incorporates a novel data set spanning 2605 viral OGs, covering 5228 proteins from 352 viral proteomes. All data are accessible for bulk downloading, as a web-service, and through a completely redesigned web interface. The new access points provide faster searches and a number of new browsing and visualization capabilities, facilitating the needs of both experts and less experienced users. eggNOG v4.5 is available at http://eggnog.embl.de.