Schrodinger's Scat：現在利用可能なTiger（Panthera Tigris）とLeopard（Panthera Pardus）の特定のプライマーの批判的レビュー、および小説Leopard固有のプライマー

背景：非侵襲的なサンプリングは、とらえどころのない種の遺伝的研究の手段を開いており、それらの保全に大きく貢献しています。非侵襲的サンプルのフィールドベースのアイデンティティが曖昧である場合（例：肉食動物のスキャット）、分子アプローチを通じて種のアイデンティティを確立することが不可欠です。種の同一性を確認するための費用対効果の高い手順は、PCR増幅に種固有のプライマー（SSP）を使用し、その後のアガロースゲル電気泳動を介した解像度を使用することです。ただし、SSPSが設計されている場合は、しばしば非標的同所種を増幅することができます。ここでは、現在公開されているSSPでのクロス増幅の問題を報告します。これは、インドのタイガース（パンテーラティグリス）とヒョウ（パンテーラパルダス）に関するいくつかの最近の科学記事で使用されています。これらの論文は、将来の作業がどのように基づいているかに関する先駆的な研究を形成しているため、このエラーをさらに伝播しないように、早期整流が必要です。 結果：タイガーSSPのような同所性非ターゲット種のヒョウとストライプハイエナ（ハイエナ・ハイエナ）、ヒョウSSP増幅タイガー、ライオン（パンセラレオペルシカ）、曇りのレオパード（ネオフェリス（ネオフェリシ）などの同所性非ターゲット種で、4つのSSPのうち3つのクロス増幅を最終的に示しています。同じ製品サイズのネブロサ）。ミトコンドリアのシトクロムB領域内で、非交差増幅ヒョウ固有のプライマーペアを開発およびテストします。また、1つのPCR反応でタイガーサンプルとヒョウサンプルを同時にスクリーニングするデュプレックスPCRメソッドを標準化して、コストと時間を短縮します。 結論：これらの発見は、非侵襲的サンプルからの種の決定的な識別のしばしば見落とされがちな予備的プロトコルの重要性を示唆しています。同種の公開されたプライマーのクロス増幅は、以前の研究によって引き出された推論を再検討する必要性を示唆しています。

BACKGROUND: Non-invasive sampling has opened avenues for the genetic study of elusive species, which has contributed significantly to their conservation. Where field based identity of non-invasive sample is ambiguous (e.g. carnivore scats), it is essential to establish identity of the species through molecular approaches. A cost effective procedure to ascertain species identity is to use species specific primers (SSP) for PCR amplification and subsequent resolution through agarose gel electrophoresis. However, SSPs if ill designed can often cross amplify non-target sympatric species. Herein we report the problem of cross amplification with currently published SSPs, which have been used in several recent scientific articles on tigers (Panthera tigris) and leopards (Panthera pardus) in India. Since these papers form pioneering research on which future work will be based, an early rectification is required so as to not propagate this error further. RESULTS: We conclusively show cross amplification of three of the four SSPs, in sympatric non-target species like tiger SSP amplifying leopard and striped hyena (Hyaena hyaena), and leopard SSP amplifying tiger, lion (Panthera leo persica) and clouded leopard (Neofelis nebulosa), with the same product size. We develop and test a non-cross-amplifying leopard specific primer pair within the mitochondrial cytochrome b region. We also standardize a duplex PCR method to screen tiger and leopard samples simultaneously in one PCR reaction to reduce cost and time. CONCLUSIONS: These findings suggest the importance of an often overlooked preliminary protocol of conclusive identification of species from non-invasive samples. The cross amplification of published primers in conspecifics suggests the need to revisit inferences drawn by earlier work.