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脂肪の沈着は、動物の成長効率、肉製品の技術的および栄養的特性に影響を与えるため、ブタで広く研究されている特性ですが、豚の脂肪堆積を調節する生物学的および分子プロセスのグローバルな枠組みはまだ不完全です。この研究では、RNA-seqのデータに従って、脂肪とleanせた動物の間で差別的に発現した遺伝子を報告し、RNA-seqのデータに従って脂肪動物とleanせた動物の間で異なる遺伝子を報告しています。バック脂肪転写プロファイルは、23個の483遺伝子の発現によって特徴付けられ、そのうち54.1％は既知の遺伝子で表されました。63 418の転写産物のうち、約80％が非包括的な注釈付きアイソフォームでした。脂肪とリーンブタの発現レベルを比較することにより、72個のより高度に発現した86個の堅牢な差次的に発現した転写産物を検出しました（例：ACP5、BCL2A1、CCR1、CD163、CD1A、EGR2、ENPP1、GPNMB、INHBB、LYZ、MSR1、OLR1、pik3ap1、plin2、spp1、slc11a1、stc1）および14下部発現（例：ADSL1、CDO1、DNAJB1、HSPA1A、HSPA1B、HSPA2、HSPB8、IGFBP5、OLFML3）。差次的に発現した遺伝子に濃縮された主な機能的カテゴリは、免疫系プロセス、過剰発現遺伝子の刺激に対する反応、細胞活性化および骨格系の発達、および5つの熱ショックタンパク質を含む露出していない遺伝子の展開されたタンパク質結合およびストレス応答でした。脂肪組織の変化とストレス反応障害は、炎症に関連しており、そして、ヒト肥満で観察されるものと同様に、脂肪組織分泌活性に関連しています。我々の結果は、豚生産チェーンを改善し、観察された微分発現を調節する遺伝的要因を特定するために、枝肉脂肪特性のバイオマーカーを特定する機会を提供します。
脂肪の沈着は、動物の成長効率、肉製品の技術的および栄養的特性に影響を与えるため、ブタで広く研究されている特性ですが、豚の脂肪堆積を調節する生物学的および分子プロセスのグローバルな枠組みはまだ不完全です。この研究では、RNA-seqのデータに従って、脂肪とleanせた動物の間で差別的に発現した遺伝子を報告し、RNA-seqのデータに従って脂肪動物とleanせた動物の間で異なる遺伝子を報告しています。バック脂肪転写プロファイルは、23個の483遺伝子の発現によって特徴付けられ、そのうち54.1％は既知の遺伝子で表されました。63 418の転写産物のうち、約80％が非包括的な注釈付きアイソフォームでした。脂肪とリーンブタの発現レベルを比較することにより、72個のより高度に発現した86個の堅牢な差次的に発現した転写産物を検出しました（例：ACP5、BCL2A1、CCR1、CD163、CD1A、EGR2、ENPP1、GPNMB、INHBB、LYZ、MSR1、OLR1、pik3ap1、plin2、spp1、slc11a1、stc1）および14下部発現（例：ADSL1、CDO1、DNAJB1、HSPA1A、HSPA1B、HSPA2、HSPB8、IGFBP5、OLFML3）。差次的に発現した遺伝子に濃縮された主な機能的カテゴリは、免疫系プロセス、過剰発現遺伝子の刺激に対する反応、細胞活性化および骨格系の発達、および5つの熱ショックタンパク質を含む露出していない遺伝子の展開されたタンパク質結合およびストレス応答でした。脂肪組織の変化とストレス反応障害は、炎症に関連しており、そして、ヒト肥満で観察されるものと同様に、脂肪組織分泌活性に関連しています。我々の結果は、豚生産チェーンを改善し、観察された微分発現を調節する遺伝的要因を特定するために、枝肉脂肪特性のバイオマーカーを特定する機会を提供します。
Fat deposition is a widely studied trait in pigs because of its implications with animal growth efficiency, technological and nutritional characteristics of meat products, but the global framework of the biological and molecular processes regulating fat deposition in pigs is still incomplete. This study describes the backfat tissue transcription profile in Italian Large White pigs and reports genes differentially expressed between fat and lean animals according to RNA-seq data. The backfat transcription profile was characterised by the expression of 23 483 genes, of which 54.1% were represented by known genes. Of 63 418 expressed transcripts, about 80% were non-previously annotated isoforms. By comparing the expression level of fat vs. lean pigs, we detected 86 robust differentially expressed transcripts, 72 more highly expressed (e.g. ACP5, BCL2A1, CCR1, CD163, CD1A, EGR2, ENPP1, GPNMB, INHBB, LYZ, MSR1, OLR1, PIK3AP1, PLIN2, SPP1, SLC11A1, STC1) and 14 lower expressed (e.g. ADSSL1, CDO1, DNAJB1, HSPA1A, HSPA1B, HSPA2, HSPB8, IGFBP5, OLFML3) in fat pigs. The main functional categories enriched in differentially expressed genes were immune system process, response to stimulus, cell activation and skeletal system development, for the overexpressed genes, and unfolded protein binding and stress response, for the underexpressed genes, which included five heat shock proteins. Adipose tissue alterations and impaired stress response are linked to inflammation and, in turn, to adipose tissue secretory activity, similar to what is observed in human obesity. Our results provide the opportunity to identify biomarkers of carcass fat traits to improve the pig production chain and to identify genetic factors that regulate the observed differential expression.
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