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Annals of human genetics2016May01Vol.80issue(3)

新規ヒト遺伝子機能の特性評価のための血族集団における遺伝的研究の重要性

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
  • Review
概要
Abstract

近親的な子孫は、ホモ接合性のレベルが上昇しています。ゲノム内のオブソ接合伸びは、機能の喪失(LOF)変異を抱く可能性が高く、遺伝子の完全な不活性化または機能障害につながります。臨床表現型を使用して血族の子孫を研究することは、疾患因果変異を特定するのに非常に役立ちます。しかし、現時点では、ヒトゲノムの遺伝子のほとんどは、それらに関連する障害を抱えていないか、機能が不明です。これはおそらく、大規模なシーケンシングプロジェクトの主な焦点である異化した集団では、ホモ接合LOFバリアントが観察されないという事実に基づいています。ただし、別の理由は、完全に「ノックアウト」された場合、ゲノムの多くの遺伝子、つまり明確な表現型または定義された表現型を引き起こさないことです。ここでは、血族家族や病気の個人のサブセットを分析する伝統的なアプローチとは対照的に、血族集団を研究することの利点と意味について説明します。「全体として」血族集団を研究することで、新規遺伝子機能の特性評価を加え、ヒトゲノムの非必須遺伝子および/または領域を示すことができることをお勧めします。また、プロセスをより効率的にするために、単一のヌクレオチドバリアント(SNV)アレイを設計することもお勧めします。

近親的な子孫は、ホモ接合性のレベルが上昇しています。ゲノム内のオブソ接合伸びは、機能の喪失(LOF)変異を抱く可能性が高く、遺伝子の完全な不活性化または機能障害につながります。臨床表現型を使用して血族の子孫を研究することは、疾患因果変異を特定するのに非常に役立ちます。しかし、現時点では、ヒトゲノムの遺伝子のほとんどは、それらに関連する障害を抱えていないか、機能が不明です。これはおそらく、大規模なシーケンシングプロジェクトの主な焦点である異化した集団では、ホモ接合LOFバリアントが観察されないという事実に基づいています。ただし、別の理由は、完全に「ノックアウト」された場合、ゲノムの多くの遺伝子、つまり明確な表現型または定義された表現型を引き起こさないことです。ここでは、血族家族や病気の個人のサブセットを分析する伝統的なアプローチとは対照的に、血族集団を研究することの利点と意味について説明します。「全体として」血族集団を研究することで、新規遺伝子機能の特性評価を加え、ヒトゲノムの非必須遺伝子および/または領域を示すことができることをお勧めします。また、プロセスをより効率的にするために、単一のヌクレオチドバリアント(SNV)アレイを設計することもお勧めします。

Consanguineous offspring have elevated levels of homozygosity. Autozygous stretches within their genome are likely to harbour loss of function (LoF) mutations which will lead to complete inactivation or dysfunction of genes. Studying consanguineous offspring with clinical phenotypes has been very useful for identifying disease causal mutations. However, at present, most of the genes in the human genome have no disorder associated with them or have unknown function. This is presumably mostly due to the fact that homozygous LoF variants are not observed in outbred populations which are the main focus of large sequencing projects. However, another reason may be that many genes in the genome-even when completely "knocked out," do not cause a distinct or defined phenotype. Here, we discuss the benefits and implications of studying consanguineous populations, as opposed to the traditional approach of analysing a subset of consanguineous families or individuals with disease. We suggest that studying consanguineous populations "as a whole" can speed up the characterisation of novel gene functions as well as indicating nonessential genes and/or regions in the human genome. We also suggest designing a single nucleotide variant (SNV) array to make the process more efficient.

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