種分化とは何ですか？

種の概念と定義は、生物学者の世代によって議論されており、議論の余地があり続けています。微生物は、遺伝的多様性、無性生殖、およびしばしば乱交的な水平遺伝子導入（HGT）のために特定の課題をもたらします。しかし、微生物は、自然と研究室の両方で、そして簡単にシーケンスされたゲノムの両方で、その急速な進化のために、種分化を研究して理解する機会をもたらします。ここでは、微生物集団のゲノミクスが「行為で」分化を獲得することを可能にした方法と、生命のすべての領域に影響を与え、種の概念に挑戦し、豊かになった方法を確認します。再結合（HGTおよび遺伝子移入を含む）が新生の微生物、動物、植物種のゲノムを形作った方法を説明し、種分化の開始と維持における自然選択の顕著な役割を主張します。生命の木全体にわたる種分化のプロセスと、微生物からどのような教訓を引き出すことができるかを尋ねます。自然集団のHGTの程度を示す比較ゲノミクスは、特定の垂直降下（すなわち、種の木）の関連性を確かに危険にさらします。それにもかかわらず、私たちは、種は実際には遺伝的および生態学的類似性のクラスターとして存在し、水平下降と垂直降下のバランスに関係なく、種分化は主に自然選択によって駆動されると結論付けています。

Concepts and definitions of species have been debated by generations of biologists and remain controversial. Microbes pose a particular challenge because of their genetic diversity, asexual reproduction, and often promiscuous horizontal gene transfer (HGT). However, microbes also present an opportunity to study and understand speciation because of their rapid evolution, both in nature and in the lab, and small, easily sequenced genomes. Here, we review how microbial population genomics has enabled us to catch speciation "in the act" and how the results have challenged and enriched our concepts of species, with implications for all domains of life. We describe how recombination (including HGT and introgression) has shaped the genomes of nascent microbial, animal, and plant species and argue for a prominent role of natural selection in initiating and maintaining speciation. We ask how universal is the process of speciation across the tree of life, and what lessons can be drawn from microbes? Comparative genomics showing the extent of HGT in natural populations certainly jeopardizes the relevance of vertical descent (i.e., the species tree) in speciation. Nevertheless, we conclude that species do indeed exist as clusters of genetic and ecological similarity and that speciation is driven primarily by natural selection, regardless of the balance between horizontal and vertical descent.