ウェブラスで網羅的なGoogleアドオン - テンプレートからのオントロジービルディングのためのWebサービスとアプリケーション

背景：オーサリングバイオオノロジーは、そのような専門家向けに設計されたツールで、Web Ontology Language（Owl）などの複雑な言語を理解するための訓練を受けた熟練した専門家が伝統的に着手してきたタスクです。新しい用語の要求がなされると、専門家のオントロジストの必要性は、開発プロセスのボトルネックを表しています。さらに、既存のオントロジーオーサリングソフトウェアでは、大規模で協力的に開発されたオントロジーでオントロジーの設計パターンを厳密に実施する能力は困難です。 説明：設計パターンによるオントロジーの作成をサポートするためのアプリケーションスイートであるWebulousを提示します。Webuluaulyは、ターゲットオントロジーでOWLアサーションに変換されるオントロジーデザインパターンに浸透するためのテンプレートを指定するインフラストラクチャを提供します。WebUlusは、テンプレートサーバーへのプログラマティックアクセスを提供し、テンプレートをロード、入力、および処理のために網サーバーに再提出できるようにするGoogleシート用のクライアントアプリケーションが開発されました。 結論：コミュニティへのオントロジーの開発と提供には、オントロジーエディターを超えたソフトウェアサポートが必要です。設計パターンによってオントロジーを構築し、新しいコンテンツを追加するための簡単なメカニズムを提供することで、オントロジーの開発に必要な全体的なコストと労力を削減できます。網状システムは、このプロセスをサポートし、欧州バイオインフォマティクス研究所でのいくつかのオントロジーの開発の一部として使用されます。

BACKGROUND: Authoring bio-ontologies is a task that has traditionally been undertaken by skilled experts trained in understanding complex languages such as the Web Ontology Language (OWL), in tools designed for such experts. As requests for new terms are made, the need for expert ontologists represents a bottleneck in the development process. Furthermore, the ability to rigorously enforce ontology design patterns in large, collaboratively developed ontologies is difficult with existing ontology authoring software. DESCRIPTION: We present Webulous, an application suite for supporting ontology creation by design patterns. Webulous provides infrastructure to specify templates for populating ontology design patterns that get transformed into OWL assertions in a target ontology. Webulous provides programmatic access to the template server and a client application has been developed for Google Sheets that allows templates to be loaded, populated and resubmitted to the Webulous server for processing. CONCLUSIONS: The development and delivery of ontologies to the community requires software support that goes beyond the ontology editor. Building ontologies by design patterns and providing simple mechanisms for the addition of new content helps reduce the overall cost and effort required to develop an ontology. The Webulous system provides support for this process and is used as part of the development of several ontologies at the European Bioinformatics Institute.