SCFV抗体における二重の役割を伴う3つの異なるタグポリペプチドのインシリコ分析

シングルチェーンフラグメント変数（SCFV）抗体は、ポリペプチドリンカーによって結合された可変重量（VH）および可変軽量（VL）ドメインで構成されています。通常、[（gly4ser）n]シーケンスは、抗原結合ドメインの完全性を保持するためのリンカーとして使用されます。免疫原性が低いため、この配列はSCFV検出と精製のタグとして使用することはできません。いくつかの証拠は、SCFVの検出と精製のためにNまたはC末端タグを添加すると、この抗体フラグメントの発現と結合能力が低下することを示しています。この研究では、分子モデリングを通じて、従来のリンカー（GGGGS）をHISタグ、C-MYC、またはeタグシーケンスに置き換えました。すべてのモデルの安定性と完全性は、分子動的（MD）シミュレーションによって評価されました。MDシミュレーション分析に基づいて、リンカーとしてEタグシーケンスを含むモデルは、他の分子と比較してより安定性を示しました。結果は、eタグを従来のリンカーに置き換えることができるだけでなく、SCFVの検出と精製に追加のタグを使用する必要性も排除することを示唆しています。

Single chain fragment variable (scFv) antibodies are composed of variable heavy (VH) and variable light (VL) domains that are joined by a polypeptide linker. Typically, [(Gly4Ser) n] sequence is used as a linker to retain the integrity of the antigen-binding domain. Due to its low immunogenicity, this sequence cannot be used as a tag for scFv detection and purification. Several evidences have shown that the addition of an N or C-terminal tag for scFv detection and purification will result in the decreased expression and binding capacity of this antibody fragment. In this study, we substituted the traditional linker (GGGGS) with His-tag, C-myc or E-tag sequences through molecular modeling. Stability and integrity of all models were assessed by molecular dynamic (MD) simulation. Based on MD simulation analysis, the model containing E-tag sequence as a linker indicated more stability compared to other molecules. The results suggest that E-tag not only can be substituted for the traditional linker, also eliminates the necessity of using additional tag for scFv detection and purification.