Wikipathwaysの視点からのReactome

ReactomeとWikipathwaysは、生物学的経路で最も人気のある自由に利用可能なデータベースの2つです。Reactome経路は、選択されたドメインの専門家からの定期的な入力で中央キュレーションされています。Wikipathwaysは、関心のある当事者によって経路が作成され、継続的にキュレーションされるコミュニティベースのプラットフォームです。WikipathwaysとReactomeの間の新生コラボレーションは、これら2つのアプローチを組み合わせることの相互利益を示しています。Wikipathwaysで使用されるGPML形式にReactome経路を変換するフォーマットコンバーターを作成しました。さらに、複雑なコンポーネントの検索を簡素化するPathVisioのComplexVizプラグインを開発しました。プラグインは、ユーザー定義の基準に基づいて経路上で複合体を採点することもできます。このスコアは、プラグインによって提供される視覚化オプションを使用して、複雑なノードで視覚化できます。キュレーションおよび変換された反応経路のマージされたコレクションを使用して、以前に記載された多嚢胞性卵巣症候群遺伝子発現データセットの分析のための関連する生物学的プロセスの改善された経路カバレッジを示します。さらに、この変換により、研究者はPathVisioの高度なデータ視覚化機能を使用して、Reactome経路に関するデータを視覚化することができます。Wikipathwaysは、Reactomeから変換されたコンテンツと、相互作用に関する豊富な意味情報に提供される専用の焦点と注意の恩恵を受けます。Reactomeは、Wikipathwaysで利用可能な継続的なコミュニティのキュレーションから順番に恩恵を受けます。大規模な研究コミュニティは、PathvisioとCytoscapeでの分析のためのより大きな一連の経路の利用可能性から利益を得ています。Pathvisioから得られた経路統計の結果は、分析のために大規模な候補経路を使用する場合、大幅に優れています。この変換は、異なるアプローチを使用して開発された複数の経路リソースを統合するための一般的なモデルとして機能します。

Reactome and WikiPathways are two of the most popular freely available databases for biological pathways. Reactome pathways are centrally curated with periodic input from selected domain experts. WikiPathways is a community-based platform where pathways are created and continually curated by any interested party. The nascent collaboration between WikiPathways and Reactome illustrates the mutual benefits of combining these two approaches. We created a format converter that converts Reactome pathways to the GPML format used in WikiPathways. In addition, we developed the ComplexViz plugin for PathVisio which simplifies looking up complex components. The plugin can also score the complexes on a pathway based on a user defined criterion. This score can then be visualized on the complex nodes using the visualization options provided by the plugin. Using the merged collection of curated and converted Reactome pathways, we demonstrate improved pathway coverage of relevant biological processes for the analysis of a previously described polycystic ovary syndrome gene expression dataset. Additionally, this conversion allows researchers to visualize their data on Reactome pathways using PathVisio's advanced data visualization functionalities. WikiPathways benefits from the dedicated focus and attention provided to the content converted from Reactome and the wealth of semantic information about interactions. Reactome in turn benefits from the continuous community curation available on WikiPathways. The research community at large benefits from the availability of a larger set of pathways for analysis in PathVisio and Cytoscape. The pathway statistics results obtained from PathVisio are significantly better when using a larger set of candidate pathways for analysis. The conversion serves as a general model for integration of multiple pathway resources developed using different approaches.