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ライスの毎年恒例の野生のAAゲノム種であるオリザ・ニバラは、栽培された米の遺伝的多様性を広げるための重要な遺伝子プールです（O. sativa L.）。O. nivaraの好ましい対立遺伝子の特定と利用に向けて、Elite Indica Rice 93-11の背景にO. nivaraセグメントを高度なバッククロスと繰り返し自己を導入することにより、一連の遺伝子移入ライン（IL）を開発しました。全ゲノムの再配置を使用して、1,070ビンマーカーを含む高密度の遺伝子マップが131 ILS用に建設され、ビンあたり平均長さ349 kbがありました。131 ILSはO. nivaraゲノムの95％をカバーしており、特性改善のためにO. nivara対立遺伝子を身に着けるための比較的完全なゲノムライブラリを提供します。この高密度BIN-MAPを使用して、13の収量関連特性のQTLマッピングが実行され、2つの環境で合計65のQTLが検出されました。検出されたQTLの約36.9％で、O。nivaraの対立遺伝子は、収量関連特性に対する影響の改善を授与しました。6つのクローン遺伝子、SH4/SHA1、BH4、SD1、TE/TAD1、GS3、およびFZPは、9 QTLのピーク間隔で共局在しています。結論として、私たちは野生の米からの有益な対立遺伝子の探査と使用のための新しい遺伝物質を開発し、好ましいO. nivara由来のQTLの将来の微細なマッピングとクローニングの基礎を提供しました。
ライスの毎年恒例の野生のAAゲノム種であるオリザ・ニバラは、栽培された米の遺伝的多様性を広げるための重要な遺伝子プールです（O. sativa L.）。O. nivaraの好ましい対立遺伝子の特定と利用に向けて、Elite Indica Rice 93-11の背景にO. nivaraセグメントを高度なバッククロスと繰り返し自己を導入することにより、一連の遺伝子移入ライン（IL）を開発しました。全ゲノムの再配置を使用して、1,070ビンマーカーを含む高密度の遺伝子マップが131 ILS用に建設され、ビンあたり平均長さ349 kbがありました。131 ILSはO. nivaraゲノムの95％をカバーしており、特性改善のためにO. nivara対立遺伝子を身に着けるための比較的完全なゲノムライブラリを提供します。この高密度BIN-MAPを使用して、13の収量関連特性のQTLマッピングが実行され、2つの環境で合計65のQTLが検出されました。検出されたQTLの約36.9％で、O。nivaraの対立遺伝子は、収量関連特性に対する影響の改善を授与しました。6つのクローン遺伝子、SH4/SHA1、BH4、SD1、TE/TAD1、GS3、およびFZPは、9 QTLのピーク間隔で共局在しています。結論として、私たちは野生の米からの有益な対立遺伝子の探査と使用のための新しい遺伝物質を開発し、好ましいO. nivara由来のQTLの将来の微細なマッピングとクローニングの基礎を提供しました。
Oryza nivara, an annual wild AA-genome species of rice, is an important gene pool for broadening the genetic diversity of cultivated rice (O. sativa L.). Towards identifying and utilizing favourable alleles from O. nivara, we developed a set of introgression lines (ILs) by introducing O. nivara segments into the elite indica rice variety 93-11 background through advanced backcrossing and repeated selfing. Using whole-genome resequencing, a high-density genetic map containing 1,070 bin-markers was constructed for the 131 ILs, with an average length of 349 kb per bin. The 131 ILs cover 95% of O. nivara genome, providing a relatively complete genomic library for introgressing O. nivara alleles for trait improvement. Using this high-density bin-map, QTL mapping for 13 yield-related traits was performed and a total of 65 QTLs were detected across two environments. At ~36.9% of detected QTLs, the alleles from O. nivara conferred improving effects on yield-associated traits. Six cloned genes, Sh4/SHA1, Bh4, Sd1, TE/TAD1, GS3 and FZP, colocalised in the peak intervals of 9 QTLs. In conclusion, we developed new genetic materials for exploration and use of beneficial alleles from wild rice and provided a basis for future fine mapping and cloning of the favourable O. nivara-derived QTLs.
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