CRISPRスクリーンは、がんの脆弱性の包括的な評価を提供しますが、高度に増幅されたゲノム領域に対して偽陽性ヒットを生成します

非標識：CRISPR/CAS9は、遺伝子機能を体系的にプローブするための強力な新しいツールとして浮上しています。CRISPRのパフォーマンスを、複数の癌細胞株にわたるがん依存性を特定するために、RNAIベースの機能喪失スクリーンと比較しました。CRISPRドロップアウトスクリーンは、RNAiよりも一貫して致命的な遺伝子を一貫して特定しており、多くの細胞依存性の同定には完全な遺伝子の不活性化が必要になる可能性があることを意味します。しかし、2つの異数性癌モデルでは、非抽出遺伝子を含む高度に増幅された領域内のすべての遺伝子がCRISPRによって致命的であるとスコアリングされ、予期せぬクラスの偽陽性ヒットを明らかにすることがわかりました。さらに、CRISPRタイルスクリーンを使用して、SGRNAが必須ドメインを標的とすることで、最も強力な致死性表現型を生成し、癌依存に必要なタンパク質ドメインを迅速に定義する戦略を提供することがわかりました。まとめて、これらの発見は、癌に必須の遺伝子の同定におけるCRISPRスクリーンの有用性を実証するだけでなく、染色体的に不安定な癌系統で偽陽性の結果を慎重に制御する必要性を明らかにしています。 重要性：この研究では、CRISPRベースのスクリーンはRNAIベースのスクリーンと比較して偽陰性率が大幅に低いが、特にゲノム増幅領域の尋問において特定の負債があることを示しています。したがって、この研究は、CRISPRベースのスクリーンを新しい癌標的の体系的な識別に適用するための重要な洞察を提供します。がんdiscov;6（8）;900-13。©2016 Aacr.See関連の解説は、Sheel and Xue、p。824 Aguirre et al。、p。914この記事は、この問題の特徴で強調表示されています。803。

UNLABELLED: CRISPR/Cas9 has emerged as a powerful new tool to systematically probe gene function. We compared the performance of CRISPR to RNAi-based loss-of-function screens for the identification of cancer dependencies across multiple cancer cell lines. CRISPR dropout screens consistently identified more lethal genes than RNAi, implying that the identification of many cellular dependencies may require full gene inactivation. However, in two aneuploid cancer models, we found that all genes within highly amplified regions, including nonexpressed genes, scored as lethal by CRISPR, revealing an unanticipated class of false-positive hits. In addition, using a CRISPR tiling screen, we found that sgRNAs targeting essential domains generate the strongest lethality phenotypes and thus provide a strategy to rapidly define the protein domains required for cancer dependence. Collectively, these findings not only demonstrate the utility of CRISPR screens in the identification of cancer-essential genes, but also reveal the need to carefully control for false-positive results in chromosomally unstable cancer lines. SIGNIFICANCE: We show in this study that CRISPR-based screens have a significantly lower false-negative rate compared with RNAi-based screens, but have specific liabilities particularly in the interrogation of regions of genome amplification. Therefore, this study provides critical insights for applying CRISPR-based screens toward the systematic identification of new cancer targets. Cancer Discov; 6(8); 900-13. ©2016 AACR.See related commentary by Sheel and Xue, p. 824See related article by Aguirre et al., p. 914This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 803.