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長い遺伝子間非コードRNA（lincrnas）は、癌のバイオマーカーとしての可能性を秘めた比較的新しいクラスの非コードRNAです。Pancancer BiomarkersとしてLincrnasのパネルを探すために、臨床情報を含む3300を超える癌サンプルからのトランスクリプトームを分析しました。mRNAと比較して、LincrNasは著しく高い組織特異性を示し、その後癌組織で減少します。さらに、LincrNAクラスタリング結果は腫瘍サブタイプを正確に分類します。癌ゲノムアトラス（TCGA）の数千のペアの腫瘍と隣接する正常サンプルからのRNA-seqデータを使用して、6つのLincrNAを潜在的な汎癌診断バイオマーカー（PCAN-1からPCAN-6）として特定します。これらのlincrNAは、4つの独立したRNA-seqデータセットのがんサンプルを使用して堅牢に検証され、一次乳がんとMCF-7細胞株の両方でQPCRによって検証されています。興味深いことに、これらの6つのlincrnaの発現レベルは、さまざまな癌の予後にも関連しています。さらに、特定された2つのLNCRNAの乳がん細胞株と結腸癌細胞株の成長と移動依存性を実験的に調査しました。要約すると、我々の研究は、潜在的に強力で生物学的に機能的な汎癌バイオマーカーとしてのLincrNAの新たな役割を強調し、癌におけるLincrNAの生物学的および臨床機能を理解する上で大きな前進を表しています。
長い遺伝子間非コードRNA（lincrnas）は、癌のバイオマーカーとしての可能性を秘めた比較的新しいクラスの非コードRNAです。Pancancer BiomarkersとしてLincrnasのパネルを探すために、臨床情報を含む3300を超える癌サンプルからのトランスクリプトームを分析しました。mRNAと比較して、LincrNasは著しく高い組織特異性を示し、その後癌組織で減少します。さらに、LincrNAクラスタリング結果は腫瘍サブタイプを正確に分類します。癌ゲノムアトラス（TCGA）の数千のペアの腫瘍と隣接する正常サンプルからのRNA-seqデータを使用して、6つのLincrNAを潜在的な汎癌診断バイオマーカー（PCAN-1からPCAN-6）として特定します。これらのlincrNAは、4つの独立したRNA-seqデータセットのがんサンプルを使用して堅牢に検証され、一次乳がんとMCF-7細胞株の両方でQPCRによって検証されています。興味深いことに、これらの6つのlincrnaの発現レベルは、さまざまな癌の予後にも関連しています。さらに、特定された2つのLNCRNAの乳がん細胞株と結腸癌細胞株の成長と移動依存性を実験的に調査しました。要約すると、我々の研究は、潜在的に強力で生物学的に機能的な汎癌バイオマーカーとしてのLincrNAの新たな役割を強調し、癌におけるLincrNAの生物学的および臨床機能を理解する上で大きな前進を表しています。
Long intergenic noncoding RNAs (lincRNAs) are a relatively new class of non-coding RNAs that have the potential as cancer biomarkers. To seek a panel of lincRNAs as pan-cancer biomarkers, we have analyzed transcriptomes from over 3300 cancer samples with clinical information. Compared to mRNA, lincRNAs exhibit significantly higher tissue specificities that are then diminished in cancer tissues. Moreover, lincRNA clustering results accurately classify tumor subtypes. Using RNA-Seq data from thousands of paired tumor and adjacent normal samples in The Cancer Genome Atlas (TCGA), we identify six lincRNAs as potential pan-cancer diagnostic biomarkers (PCAN-1 to PCAN-6). These lincRNAs are robustly validated using cancer samples from four independent RNA-Seq data sets, and are verified by qPCR in both primary breast cancers and MCF-7 cell line. Interestingly, the expression levels of these six lincRNAs are also associated with prognosis in various cancers. We further experimentally explored the growth and migration dependence of breast and colon cancer cell lines on two of the identified lncRNAs. In summary, our study highlights the emerging role of lincRNAs as potentially powerful and biologically functional pan-cancer biomarkers and represents a significant leap forward in understanding the biological and clinical functions of lincRNAs in cancers.
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