LTRレトロトランスポゾン由来の遺伝子は、ユイター人の系統固有の構造的および推定種固有の機能的変化を示します

Sushi-ichi Retrotransposonから獲得された11のユイテリア特異的遺伝子の中には、CCHC型の亜鉛フィンガータンパク質エンコード遺伝子SIRH11/ZCCHC16があります。ユースヘアの脳の進化への貢献は、おそらくノルアドレナリン系を介してマウスの認知機能への関与のために暗示されています。SIRH11/ZCCHC16が非コードRNAとして機能する可能性はまだ残っていますが、そのオルソログ間のペアワイズ比較のDN/DS比は、タンパク質として作用するという支持的証拠を提供しています。それは、アルマジロス（シングラタ）とナマケモノ（ピロサ）の偽遺伝子となり、Xenarthraの唯一の現存する命令であり、ユーティアンのSIRH11/ZCCHC16の系統固有のバリエーションを調べるようになりました。GenBankのゲノムDNA情報に基づいて、95のユイター派種の予測SIRH11/ZCCHC16オープンリーディングフレーム（ORF）を調べました。SIRH11/ZCCHC16 ORFの大きな変動がいくつかの系統で検出されました。これらには、ギボン（ヒロバティダエ：霊長類）およびメガバット（メガチロプテラ：カイロプテラ）で観察される、そのC末端にCCHC RNA結合ドメインの不足が含まれます。一方、N末端の半分の欠如は、新世界の猿（Platyrrhini：霊長類）と新世界とアフリカのヒストロコグナス（カビオモルファと水槽：げっ歯類）に属する種とセタケアと半症（セタルタティオデティラー）で観察されました。興味深いことに、ヒモイドのうち、4つの属のうち3つは、削除またはCCHC RNA結合ドメインの欠如により、正常なSIRH11/ZCCHC16機能を失いました。当社の広範なDN/DS分析は、このような切り捨てられたSIRH11/ZCCHC16 ORFが系統内であっても機能的に多様化されていることを示唆しています。我々の結果は、SIRH11/ZCCHC16が、一般的なユースヘアの祖先での家畜化後の系統固有の構造変化によるユイター人の多様化に寄与する可能性があることを示しています。選択イベント。

Amongst the 11 eutherian-specific genes acquired from a sushi-ichi retrotransposon is the CCHC type zinc-finger protein-encoding gene SIRH11/ZCCHC16. Its contribution to eutherian brain evolution is implied because of its involvement in cognitive function in mice, possibly via the noradrenergic system. Although, the possibility that Sirh11/Zcchc16 functions as a non-coding RNA still remains, dN/dS ratios in pairwise comparisons between its orthologs have provided supportive evidence that it acts as a protein. It became a pseudogene in armadillos (Cingulata) and sloths (Pilosa), the only two extant orders of xenarthra, which prompted us to examine the lineage-specific variations of SIRH11/ZCCHC16 in eutherians. We examined the predicted SIRH11/ZCCHC16 open reading frame (ORF) in 95 eutherian species based on the genomic DNA information in GenBank. A large variation in the SIRH11/ZCCHC16 ORF was detected in several lineages. These include a lack of a CCHC RNA-binding domain in its C-terminus, observed in gibbons (Hylobatidae: Primates) and megabats (Megachiroptera: Chiroptera). A lack of the N-terminal half, on the other hand, was observed in New World monkeys (Platyrrhini: Primates) and species belonging to New World and African Hystricognaths (Caviomorpha and Bathyergidae: Rodents) along with Cetacea and Ruminantia (Cetartiodactyla). Among the hominoids, interestingly, three out of four genera of gibbons have lost normal SIRH11/ZCCHC16 function by deletion or the lack of the CCHC RNA-binding domain. Our extensive dN/dS analysis suggests that such truncated SIRH11/ZCCHC16 ORFs are functionally diversified even within lineages. Combined, our results show that SIRH11/ZCCHC16 may contribute to the diversification of eutherians by lineage-specific structural changes after its domestication in the common eutherian ancestor, followed by putative species-specific functional changes that enhanced fitness and occurred as a consequence of complex natural selection events.