全血からのストレプトコッカスagalactiae（Lancefield Group B Streptococcus）DNAの回復のためのさまざまな前リシス法と抽出キットの比較

全血サンプルからの細菌DNAの最適下回復は、病原性細菌を検出するための分子アッセイの感度を制限する可能性があります。3つの異なる前リシスプロトコル（なし、機械的プレリジスおよびアクラモペプチダーゼpre-lysis）と、濃縮された全血サンプルでグループB連鎖球菌（GB）を直接検出するための5つの市販のDNA抽出プラットフォームを比較しました。DNAは、QIAAMPブラッドミニキット（QIAGEN）、UCP病原体ミニキット（Qiagen）、Quickgene DNA Whole Blood Kit S（Fuji）、Speed Xtract Xtract Nucleic Acid Kit 200（Qiagen）、Magna Pure Compact Nucleic Acim Isolation Kit Iを使用して抽出されました。Roche Diagnostics Corp）。機械的プレリジスは、細菌ゲノムDNAの収量を51.3倍（95％信頼区間; 31.6-85.1、p <0.001）およびアグロモペプチダーゼを含むプレリシを6.1倍増加させました（95％CI; 4.2-8.9、P <0.001）、プレリシがない場合と比較してください。前リシによる収量の違いは、抽出方法間の収量の違いよりも2〜3倍大きかった。リシス前のステップを含めることで、培養を必要とせずにPCRまたは他の分子法を使用してGBSの検出の限界を改善することができます。

Sub-optimal recovery of bacterial DNA from whole blood samples can limit the sensitivity of molecular assays to detect pathogenic bacteria. We compared 3 different pre-lysis protocols (none, mechanical pre-lysis and achromopeptidase pre-lysis) and 5 commercially available DNA extraction platforms for direct detection of Group B Streptococcus (GBS) in spiked whole blood samples, without enrichment culture. DNA was extracted using the QIAamp Blood Mini kit (Qiagen), UCP Pathogen Mini kit (Qiagen), QuickGene DNA Whole Blood kit S (Fuji), Speed Xtract Nucleic Acid Kit 200 (Qiagen) and MagNA Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I (Roche Diagnostics Corp). Mechanical pre-lysis increased yields of bacterial genomic DNA by 51.3 fold (95% confidence interval; 31.6-85.1, p<0.001) and pre-lysis with achromopeptidase by 6.1 fold (95% CI; 4.2-8.9, p<0.001), compared with no pre-lysis. Differences in yield due to pre-lysis were 2-3 fold larger than differences in yield between extraction methods. Including a pre-lysis step can improve the limits of detection of GBS using PCR or other molecular methods without need for culture.