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Current protocols in bioinformatics2016Sep07Vol.55issue()

包括的なメタボロミクスデータ分析のために、MetaBoanalyst 30を使用します

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Review
概要
Abstract

Metaboanalyst(http://www.metaboanalyst.ca)は、メタボロミックデータ分析と解釈のための包括的なWebアプリケーションです。MetaBoanalystは、ほとんどの種類のメタボロミクス実験(ターゲット、標的、定量的)で、ほとんどの種類のメタボロミクスプラットフォーム(MSおよびNMR)の一般的なメタボロミックデータ型のほとんどを処理します。さまざまなデータ処理と正規化手順の提供に加えて、MetaBoanalystは、PCA(主成分分析)、PLS-DA(部分的最小二乗判別剤などの単変量の多変量法の範囲を使用して、多くのデータ分析とデータ視覚化タスクもサポートしています。分析)、ヒートマップクラスタリングおよび機械学習方法。MetaBoanalystは、MSEA(代謝産物セット濃縮分析)、METPA(代謝産物経路分析)、ROC(受信機の動作特性)曲線分析を介したバイオマーカー選択、および時系列および電力分析など、メタボロミックデータ解釈のためのさまざまなツールも提供します。このユニットは、メタボナリストの最新バージョン(MetaBoanalyst 3.0)の主要な機能モジュールと一般的なワークフローの概要を提供し、その後8つの詳細なプロトコルが続きます。©2016 by John Wiley&Sons、Inc。

Metaboanalyst(http://www.metaboanalyst.ca)は、メタボロミックデータ分析と解釈のための包括的なWebアプリケーションです。MetaBoanalystは、ほとんどの種類のメタボロミクス実験(ターゲット、標的、定量的)で、ほとんどの種類のメタボロミクスプラットフォーム(MSおよびNMR)の一般的なメタボロミックデータ型のほとんどを処理します。さまざまなデータ処理と正規化手順の提供に加えて、MetaBoanalystは、PCA(主成分分析)、PLS-DA(部分的最小二乗判別剤などの単変量の多変量法の範囲を使用して、多くのデータ分析とデータ視覚化タスクもサポートしています。分析)、ヒートマップクラスタリングおよび機械学習方法。MetaBoanalystは、MSEA(代謝産物セット濃縮分析)、METPA(代謝産物経路分析)、ROC(受信機の動作特性)曲線分析を介したバイオマーカー選択、および時系列および電力分析など、メタボロミックデータ解釈のためのさまざまなツールも提供します。このユニットは、メタボナリストの最新バージョン(MetaBoanalyst 3.0)の主要な機能モジュールと一般的なワークフローの概要を提供し、その後8つの詳細なプロトコルが続きます。©2016 by John Wiley&Sons、Inc。

MetaboAnalyst (http://www.metaboanalyst.ca) is a comprehensive Web application for metabolomic data analysis and interpretation. MetaboAnalyst handles most of the common metabolomic data types from most kinds of metabolomics platforms (MS and NMR) for most kinds of metabolomics experiments (targeted, untargeted, quantitative). In addition to providing a variety of data processing and normalization procedures, MetaboAnalyst also supports a number of data analysis and data visualization tasks using a range of univariate, multivariate methods such as PCA (principal component analysis), PLS-DA (partial least squares discriminant analysis), heatmap clustering and machine learning methods. MetaboAnalyst also offers a variety of tools for metabolomic data interpretation including MSEA (metabolite set enrichment analysis), MetPA (metabolite pathway analysis), and biomarker selection via ROC (receiver operating characteristic) curve analysis, as well as time series and power analysis. This unit provides an overview of the main functional modules and the general workflow of the latest version of MetaboAnalyst (MetaboAnalyst 3.0), followed by eight detailed protocols. © 2016 by John Wiley & Sons, Inc.

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