フェイザーによるRNAシーケンスからのまれなバリアントフェージングとハプロタイプの発現

遺伝的変異のハプロタイプのフェーシングは、ゲノムの臨床的解釈、集団遺伝子分析、対立遺伝子活性の機能的ゲノム分析に重要です。ここでは、スプライシングのために複数のエクソンに及ぶことが多いRNAシーケンス（RNA-seq）のものを含む、リードのシーケンスによってオーバーラップされるバリアントをフェイシングするための正確なアプローチであるPhaserを提示します。多様なRNA-seqデータを使用して、これにより、集団ベースのフェージングと比較してまれなバリアントのより正確なフェージングが提供され、DNAシーケンス（DNA-seq）から得られない数百キロ塩基の同じ遺伝子の変異体の偏りを可能にすることが実証されています（DNA-seq）読みます。医療遺伝学的研究の文脈では、これが化合物ヘテロ接合体の解像度を改善することを示します。さらに、Phaserは、対立遺伝子発現の研究​​の力と精度を高めるハプロタイプの発現の尺度を提供します。要約すると、RNA-seqとフェイザーを使用したフェージングは​​正確であり、まれなバリアントハプロタイプまたは対立遺伝子の発現が必要な研究を改善します。

Haplotype phasing of genetic variants is important for clinical interpretation of the genome, population genetic analysis and functional genomic analysis of allelic activity. Here we present phASER, an accurate approach for phasing variants that are overlapped by sequencing reads, including those from RNA sequencing (RNA-seq), which often span multiple exons due to splicing. Using diverse RNA-seq data we demonstrate that this provides more accurate phasing of rare variants compared with population-based phasing and allows phasing of variants in the same gene up to hundreds of kilobases away that cannot be obtained from DNA sequencing (DNA-seq) reads. We show that in the context of medical genetic studies this improves the resolution of compound heterozygotes. Additionally, phASER provides measures of haplotypic expression that increase power and accuracy in studies of allelic expression. In summary, phasing using RNA-seq and phASER is accurate and improves studies where rare variant haplotypes or allelic expression is needed.