イルミナシーケンスのエラー率の監視

急速に変化する環境で高品質の次世代シーケンスデータを保証することは、継続的な課題です。Illumina NextSeq 500の導入とIlluminaのシーケンス分析ビューアー（Sav; Illumina、San Diego、CA、USA）からの特定のメトリックの減価は、シーケンス実行のベースラインエラー率を直接決定することをより困難にしました。基本品質を測定する能力を向上させるために、以前はIlluminaシーケンサーが提供していたパーセントPerfect Reads（PPR）プロットを構築するオープンソースツールを作成しました。PPRプログラムは、Hiseq 2000/2500、Miseq、およびNextSeq 500機器と互換性があり、Run Qualityを決定するためのIlluminaの品質値（Q）スコアに代わるものを提供します。Qスコアは実行品質を代表していますが、多くの場合、過大評価されており、各プラットフォームの異なるルックアップテーブルから供給されます。PPRの独自の機能は、トラブルシューティングツールとして、また機器のパフォーマンスを監視するためのツールとして、楽器のパフォーマンスを監視するためのツールとして、機器の健康を維持するために多くの場合に重要なSAVメトリックよりも明確さを増やすことができます。これらの機能が強調表示されます。

Guaranteeing high-quality next-generation sequencing data in a rapidly changing environment is an ongoing challenge. The introduction of the Illumina NextSeq 500 and the depreciation of specific metrics from Illumina's Sequencing Analysis Viewer (SAV; Illumina, San Diego, CA, USA) have made it more difficult to determine directly the baseline error rate of sequencing runs. To improve our ability to measure base quality, we have created an open-source tool to construct the Percent Perfect Reads (PPR) plot, previously provided by the Illumina sequencers. The PPR program is compatible with HiSeq 2000/2500, MiSeq, and NextSeq 500 instruments and provides an alternative to Illumina's quality value (Q) scores for determining run quality. Whereas Q scores are representative of run quality, they are often overestimated and are sourced from different look-up tables for each platform. The PPR's unique capabilities as a cross-instrument comparison device, as a troubleshooting tool, and as a tool for monitoring instrument performance can provide an increase in clarity over SAV metrics that is often crucial for maintaining instrument health. These capabilities are highlighted.