Taqman対立遺伝子識別と対立遺伝子特異的ジェノタイピングアッセイによるハイスループットジェノタイピング

Taqman対立遺伝子識別アッセイや対立遺伝子特異的ジェノタイピングなどのリアルタイムPCRベースのジェノタイピング方法は、数百のサンプルで一握りの単一ヌクレオチド多型をスクリーニングするときに特に役立ちます。異なる個人、組織、または事前に増幅されたDNAに由来するいずれか。TaqmanなどのリアルタイムPCRベースの方法は十分に確立されていますが、対立遺伝子固有のジェノタイピングのような代替方法は、特に短いタンデムリピート（STR）長さの多型をジェノタイピングするための強力な選択肢です。ここでは、プライマーとプローブの設計、反応条件の最適化、数百のサンプルを入力するための実験手順、最後にデータ評価など、Taqmanまたは対立遺伝子固有の遺伝子型のいずれかを使用して、新しいSNPまたはSTRのアッセイを開発する際に、すべての関連する側面を説明します。私たちの目標は、最小限の最適化を含む信頼性が高く再現可能な遺伝子型呼び出しをレンダリングするこれら2つのアプローチを使用して、ジェノタイピングアッセイを開発するためのガイドラインを提供することです。

Real-time PCR-based genotyping methods, such as TaqMan allelic discrimination assays and allele-specific genotyping, are particularly useful when screening a handful of single nucleotide polymorphisms in hundreds of samples; either derived from different individuals, tissues, or pre-amplified DNA. Although real-time PCR-based methods such as TaqMan are well-established, alternative methods, like allele-specific genotyping, are powerful alternatives, especially for genotyping short tandem repeat (STR) length polymorphisms. Here, we describe all relevant aspects when developing an assay for a new SNP or STR using either TaqMan or allele-specific genotyping, respectively, such as primer and probe design, optimization of reaction conditions, the experimental procedure for typing hundreds of samples, and finally the data evaluation. Our goal is to provide a guideline for developing genotyping assays using these two approaches that render reliable and reproducible genotype calls involving minimal optimization.