NMDを標的としたヒトmRNAのトランスクリプトーム全体の同定は、SMG6-およびSMG7を介した分解経路の間の広範な冗長性を明らかにしています

早期翻訳終了コドン（PTC）を抱える異常なmRNAを分解することに加えて、ナンセンス媒介mRNA減衰（NMD）は、全長タンパク質をコードする多くの「正常な」mRNAを標的とします。ヒト細胞におけるこのような内因性NMDターゲットの真正なセットを特定するために、ノックダウンのトランスクリプトームプロファイリングと3つのNMD因子UPF1、SMG6、およびSMG7の救助を組み合わせたメタ分析アプローチを適用しました。この組み合わせアプローチが、単一のNMD因子の不活性化に焦点を当てた以前の試みよりも確実にNMDターゲット転写産物を識別するという証拠を提供します。私たちのデータは、SMG6とSMG7が本質的に同じ転写産物に作用することを明らかにし、エンド核分解崩壊経路間の広範な冗長性を示しています。mRNAに加えて、NMDは多くの長い非コードRNAとmiRNAおよびsnorna宿主の遺伝子を標的とすることも識別しました。最も予測値が最も高いNMDターゲット機能は、3 'UTRのイントロンであり、その後、上流のオープンリーディングフレーム（UORF）と長い3' UTRが存在します。さらに、NMDターゲット転写産物の3 'UTRは、GC含有量が増加する傾向があり、3' UTRのNMD非感受性転写産物と比較すると系統発生的に保存されない傾向があります。

Besides degrading aberrant mRNAs that harbor a premature translation termination codon (PTC), nonsense-mediated mRNA decay (NMD) also targets many seemingly "normal" mRNAs that encode for full-length proteins. To identify a bona fide set of such endogenous NMD targets in human cells, we applied a meta-analysis approach in which we combined transcriptome profiling of knockdowns and rescues of the three NMD factors UPF1, SMG6, and SMG7. We provide evidence that this combinatorial approach identifies NMD-targeted transcripts more reliably than previous attempts that focused on inactivation of single NMD factors. Our data revealed that SMG6 and SMG7 act on essentially the same transcripts, indicating extensive redundancy between the endo- and exonucleolytic decay routes. Besides mRNAs, we also identified as NMD targets many long noncoding RNAs as well as miRNA and snoRNA host genes. The NMD target feature with the most predictive value is an intron in the 3' UTR, followed by the presence of upstream open reading frames (uORFs) and long 3' UTRs. Furthermore, the 3' UTRs of NMD-targeted transcripts tend to have an increased GC content and to be phylogenetically less conserved when compared to 3' UTRs of NMD insensitive transcripts.