ヒトおよびマウスの単一細胞RNAシーケンスの統合的多種種モデリングを使用したニューロン細胞タイプのマッピング

マウス脳のトランスクリプトーム研究は、脳の構造的不均一性の理解において重要です。しかし、マウス脳の細胞タイプが細胞レベルでヒト脳細胞タイプにどのように関係するかはよく理解されていません。単一の細胞粒度では、マウスとヒトの間に一致する遺伝子を見つけることが可能であり、これらの遺伝子を使用して種間で細胞タイプを分離できることを提案します。一連の一致遺伝子は、ヒトとマウスの単一細胞シーケンスデータの組み合わせからアルゴリズム的に導出できることを示します。この遺伝子セットを使用して、マウスとヒューマンクラスターの間で共有された同様の細胞タイプが一緒に共有されることを示します。さらに、マウス細胞型発現プロファイルを統合することにより、以前に分類されていないヒト細胞をグリア/血管細胞型にマッピングできることがわかります。

Mouse brain transcriptomic studies are important in the understanding of the structural heterogeneity in the brain. However, it is not well understood how cell types in the mouse brain relate to human brain cell types on a cellular level. We propose that it is possible with single cell granularity to find concordant genes between mouse and human and that these genes can be used to separate cell types across species. We show that a set of concordant genes can be algorithmically derived from a combination of human and mouse single cell sequencing data. Using this gene set, we show that similar cell types shared between mouse and human cluster together. Furthermore we find that previously unclassified human cells can be mapped to the glial/vascular cell type by integrating mouse cell type expression profiles.