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Database : the journal of biological databases and curation20170101Vol.2017issue()

Blend4Php:Galaxy用のPHP API

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文献タイプ:
  • Journal Article
概要
Abstract

Galaxyは、通常、大規模なデータセットに対して複雑な分析パイプラインを実行するための一般的なフレームワークであり、ゲノム、遺伝、および関連する生物学的分析に一般的に使用されています(ただし、これらに限定されません)。Webフロントエンドを提供し、高性能コンピューティングリソースと統合します。ここでは、GalaxyのRestful APIをPHPベースのライブラリに包むBlend4Phpライブラリの開発を報告します。PHPベースのWebアプリケーションは、Blend4Phpを使用して、ユーザー、ワークフロー、ジョブなどを含むリモートGalaxyサーバーの実行、監視、管理を自動化できます。BLEND4PHPライブラリは、Galaxyをオンラインゲノムおよび遺伝子Webサイトを作成するためのオープンソースツールキットであるTripalと統合のために特別に開発されました。ただし、あらゆるアプリケーションで使用するための独立したライブラリとして設計されており、https://github.com/galaxyproject/blend4phpphpdatabase url:httpsのGNU Lesser General Public License(LPGL v3.0)のバージョン3で無料で入手できます。://github.com/galaxyproject/blend4php。

Galaxyは、通常、大規模なデータセットに対して複雑な分析パイプラインを実行するための一般的なフレームワークであり、ゲノム、遺伝、および関連する生物学的分析に一般的に使用されています(ただし、これらに限定されません)。Webフロントエンドを提供し、高性能コンピューティングリソースと統合します。ここでは、GalaxyのRestful APIをPHPベースのライブラリに包むBlend4Phpライブラリの開発を報告します。PHPベースのWebアプリケーションは、Blend4Phpを使用して、ユーザー、ワークフロー、ジョブなどを含むリモートGalaxyサーバーの実行、監視、管理を自動化できます。BLEND4PHPライブラリは、Galaxyをオンラインゲノムおよび遺伝子Webサイトを作成するためのオープンソースツールキットであるTripalと統合のために特別に開発されました。ただし、あらゆるアプリケーションで使用するための独立したライブラリとして設計されており、https://github.com/galaxyproject/blend4phpphpdatabase url:httpsのGNU Lesser General Public License(LPGL v3.0)のバージョン3で無料で入手できます。://github.com/galaxyproject/blend4php。

Galaxy is a popular framework for execution of complex analytical pipelines typically for large data sets, and is a commonly used for (but not limited to) genomic, genetic and related biological analysis. It provides a web front-end and integrates with high performance computing resources. Here we report the development of the blend4php library that wraps Galaxy's RESTful API into a PHP-based library. PHP-based web applications can use blend4php to automate execution, monitoring and management of a remote Galaxy server, including its users, workflows, jobs and more. The blend4php library was specifically developed for the integration of Galaxy with Tripal, the open-source toolkit for the creation of online genomic and genetic web sites. However, it was designed as an independent library for use by any application, and is freely available under version 3 of the GNU Lesser General Public License (LPGL v3.0) at https://github.com/galaxyproject/blend4phpDatabase URL: https://github.com/galaxyproject/blend4php.

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