Proteowizard Msconvertによるデータ変換

プロテオーム情報学の最近の進歩により、質量分析データを分析するためのツールの爆発が発生しました。これらのツールは、分析パイプライン全体で動作し、品質管理の評価からマッチングペプチド、スペクトル、定量化まですべてを行います。残念ながら、これらのツールの大部分は、多様な質量分析計によって生成される独自の形式で直接動作することができません。その結果、多くのプロトコルの最初のステップは、ベンダー固有のバイナリファイルからオープンフォーマットファイルへのデータの変換です。このプロトコルは、この変換のためにProteowizardのMsconvertおよびMsconvertGuiソフトウェアの使用を詳しく説明し、形式の機能、コーディングオプション、およびベンダーの特殊性を考慮に入れます。コンバージョンを実行するときに利用可能なさまざまなオプションと、各オプションの意味を具体的に説明します。

Recent advances in proteome informatics have led to an explosion in tools to analyze mass spectrometry data. These tools operate across the analysis pipeline doing everything from assessing quality control to matching peptides to spectra to quantification. Unfortunately, the vast majority of these tools are not able to operate directly on the proprietary formats generated by the diverse mass spectrometers. Consequently, the first step in many protocols is the conversion of data from vendor-specific binary files to open-format files. This protocol details the use of ProteoWizard's msConvert and msConvertGUI software for this conversion, taking format features, coding options, and vendor particularities into account. We specifically describe the various options available when doing conversions and the implications of each option.