G4モチーフの古典式に反するGリッチオリゴヌクレオチドの二次構造とリガンド相互作用に関するデータ

この記事で提供されているデータは、「G4 DNA構造の拡大レパートリー」[1]の研究記事に関連しています。「不完全な」g-quadruplex（G4）モチーフを表すGリッチオリゴヌクレオチド（ONS）の二次構造、すなわち、切り捨てられたまたは中断されたGランを含む光学法で分析されました。構造に関する提示されたデータには、循環二色性（CD）スペクトル、熱差スペクトル（TDS）、およびONSのUVメル化曲線が含まれます。ONSとのエチジウム臭化エチジウム（ETBR）複合体の回転緩和時間（RRT）。TDS、CDスペクトル、UV溶融曲線を使用して、上の構造のトポロジーと熱安定性を特徴付けることができます。RRTは、複合体の流体力学的容積にほぼ比例しているため、構造上の分子間と分子内を区別するために使用できます。小分子との相互作用に関する提示されたデータには、ONSとの複合体におけるG4センサーチオフラビンT（THT）の蛍光発光スペクトル、およびG4安定化リガンドn-メチルメソポルフィリンIX（NMM）の存在下でのONSのCD溶融曲線が含まれます。およびピリドスタチン（PDS）。これらのデータは、古典的なG4の比較分析と、空孔や膨らみを持つ四重鎖などの「欠陥のある」G4Sに役立つはずです。

The data provided in this article are related to the research article "The expanding repertoire of G4 DNA structures" [1]. Secondary structures of G-rich oligonucleotides (ONs) that represent "imperfect" G-quadruplex (G4) motifs, i.e., contain truncated or interrupted G-runs, were analyzed by optical methods. Presented data on ON structures include circular dichroism (CD) spectra, thermal difference spectra (TDS) and UV -melting curves of the ONs; and rotational relaxation times (RRT) of ethidium bromide (EtBr) complexes with the ONs. TDS, CD spectra and UV-melting curves can be used to characterize the topologies and thermal stabilities of the ON structures. RRTs are roughly proportional to the hydrodynamic volumes of the complexes and thus can be used to distinguish between inter- and intramolecular ON structures. Presented data on ON interactions with small molecules include fluorescence emission spectra of the G4 sensor thioflavin T (ThT) in complexes with the ONs, and CD-melting curves of the ONs in the presence of G4-stabilizing ligands N-methylmesoporphyrin IX (NMM) and pyridostatin (PDS). These data should be useful for comparative analyses of classical G4s and "defective"G4s, such as quadruplexes with vacancies or bulges.