「DNA Strider」：Apple MacintoshファミリーのDNAおよびタンパク質配列の迅速な分析のための「C」プログラム

DNA Striderは、Macintosh Plus、SE、およびIIコンピューターのC言語で書かれた新しい統合DNAおよびタンパク質配列分析プログラムです。これは、簡単に学習および使用しやすいプログラムとして、また日々のシーケンス分析作業のための高速で効率的なツールとして設計されています。このプログラムは、マルチウィンドウシーケンスエディターとさまざまなDNAおよびタンパク質分析機能で構成されています。編集者は、4種類の4種類の配列（DNA、縮退DNA、RNA、1文字のコード化されたタンパク質）を使用し、それぞれ最大32.5 kbの任意のタイプの6つの配列を同時に処理できます。塩基の負の数字は、DNA配列に許可されています。すべての古典的な制限および翻訳分析関数が存在し、開いたシーケンスまたはシーケンスの一部で任意の順序で実行できます。プログラムの主な特徴は、同じ分析関数を異なるシーケンスで数回繰り返すことができるため、画面に複数のウィンドウを生成できることです。SharpおよびLiによるグラフィック制限マップ、疎水性プロファイル、CAIプロットコドン適応指数など、多くのグラフィック機能が組み込まれています。制限サイト検索では、新しく設計された高速ヘキサマールックアヘッドアルゴリズムを使用します。130の制限エンドヌクレアーゼのライブラリを使用してすべてのサイトを検索するための一般的なランタイムは、10,000ベースごとに1秒です。したがって、PBR322プラスミドの円形グラフィック制限マップは、そのシーケンスから計算し、2秒以内にMacintosh Plus画面に表示され、5秒以内にスクロールウィンドウで取得したマルチライン制限マップに表示できます。

DNA Strider is a new integrated DNA and Protein sequence analysis program written with the C language for the Macintosh Plus, SE and II computers. It has been designed as an easy to learn and use program as well as a fast and efficient tool for the day-to-day sequence analysis work. The program consists of a multi-window sequence editor and of various DNA and Protein analysis functions. The editor may use 4 different types of sequences (DNA, degenerate DNA, RNA and one-letter coded protein) and can handle simultaneously 6 sequences of any type up to 32.5 kB each. Negative numbering of the bases is allowed for DNA sequences. All classical restriction and translation analysis functions are present and can be performed in any order on any open sequence or part of a sequence. The main feature of the program is that the same analysis function can be repeated several times on different sequences, thus generating multiple windows on the screen. Many graphic capabilities have been incorporated such as graphic restriction map, hydrophobicity profile and the CAI plot- codon adaptation index according to Sharp and Li. The restriction sites search uses a newly designed fast hexamer look-ahead algorithm. Typical runtime for the search of all sites with a library of 130 restriction endonucleases is 1 second per 10,000 bases. The circular graphic restriction map of the pBR322 plasmid can be therefore computed from its sequence and displayed on the Macintosh Plus screen within 2 seconds and its multiline restriction map obtained in a scrolling window within 5 seconds.