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結核菌はいくつかの異なる系統に分けられ、IS-Elements、VNTR、SNPなどのさまざまな遺伝的マーカーが系統の識別に使用されます。病原性遺伝子の機能的多型に基づいたM.結核分類アプローチを提案します。プロテアーゼ、細胞壁タンパク質、脂肪酸および脂質代謝タンパク質、Sigma因子、毒素 - アントキシン系などのさまざまなタンパク質グループの319の遺伝子を含む、結核性毒性遺伝子カタログが確立されています。異なる系統の結核分離株1,573の別のカタログが開発されました。開発されたSNPコールプログラムは、3,563の非同義SNPを特定しました。構築されたSNPベースの系統発生は、系統と検出された新しいサブリネージとの間の進化的関係を反映しています。Sublineage F15/LAM4/KZNのSNP分析により、CYP125、MCE3B、VAPC25、およびVAPB34の4つの系統特異的変異が明らかになりました。ウラル系統は、毒性遺伝子の異なるSNPに基づいた2つの地理的クラスターに分割されています。IRTB、MCE3F、およびVAPC46のSNPSにより、新しいサブリネージであるB0/N-90が北京-B0/W-148内で検出されました。B0/N-90の27人のメンバーが、北京B0/W-148サブリネージの227の利用可能なゲノムの中で見つかりました。HIV陽性患者から分離された株B9741の全ゲノムシーケンスは、新しいB0/N-90グループに属することが実証されました。B0/N-90系統特異的変異のPCR検出のためのプライマーセットが開発されました。遺伝的に操作されたワクチンとしてのMCE3変異体遺伝子の前向き使用について説明します。
結核菌はいくつかの異なる系統に分けられ、IS-Elements、VNTR、SNPなどのさまざまな遺伝的マーカーが系統の識別に使用されます。病原性遺伝子の機能的多型に基づいたM.結核分類アプローチを提案します。プロテアーゼ、細胞壁タンパク質、脂肪酸および脂質代謝タンパク質、Sigma因子、毒素 - アントキシン系などのさまざまなタンパク質グループの319の遺伝子を含む、結核性毒性遺伝子カタログが確立されています。異なる系統の結核分離株1,573の別のカタログが開発されました。開発されたSNPコールプログラムは、3,563の非同義SNPを特定しました。構築されたSNPベースの系統発生は、系統と検出された新しいサブリネージとの間の進化的関係を反映しています。Sublineage F15/LAM4/KZNのSNP分析により、CYP125、MCE3B、VAPC25、およびVAPB34の4つの系統特異的変異が明らかになりました。ウラル系統は、毒性遺伝子の異なるSNPに基づいた2つの地理的クラスターに分割されています。IRTB、MCE3F、およびVAPC46のSNPSにより、新しいサブリネージであるB0/N-90が北京-B0/W-148内で検出されました。B0/N-90の27人のメンバーが、北京B0/W-148サブリネージの227の利用可能なゲノムの中で見つかりました。HIV陽性患者から分離された株B9741の全ゲノムシーケンスは、新しいB0/N-90グループに属することが実証されました。B0/N-90系統特異的変異のPCR検出のためのプライマーセットが開発されました。遺伝的に操作されたワクチンとしてのMCE3変異体遺伝子の前向き使用について説明します。
Mycobacterium tuberculosis is divided into several distinct lineages, and various genetic markers such as IS-elements, VNTR, and SNPs are used for lineage identification. We propose an M. tuberculosis classification approach based on functional polymorphisms in virulence genes. An M. tuberculosis virulence genes catalog has been established, including 319 genes from various protein groups, such as proteases, cell wall proteins, fatty acid and lipid metabolism proteins, sigma factors, toxin-antitoxin systems. Another catalog of 1,573 M. tuberculosis isolates of different lineages has been developed. The developed SNP-calling program has identified 3,563 nonsynonymous SNPs. The constructed SNP-based phylogeny reflected the evolutionary relationship between lineages and detected new sublineages. SNP analysis of sublineage F15/LAM4/KZN revealed four lineage-specific mutations in cyp125, mce3B, vapC25, and vapB34. The Ural lineage has been divided into two geographical clusters based on different SNPs in virulence genes. A new sublineage, B0/N-90, was detected inside the Beijing-B0/W-148 by SNPs in irtB, mce3F and vapC46. We have found 27 members of B0/N-90 among the 227 available genomes of the Beijing-B0/W-148 sublineage. Whole-genome sequencing of strain B9741, isolated from an HIV-positive patient, was demonstrated to belong to the new B0/N-90 group. A primer set for PCR detection of B0/N-90 lineage-specific mutations has been developed. The prospective use of mce3 mutant genes as genetically engineered vaccine is discussed.
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