予測された調節バリアントと結核感受性のGWS後分析

公開された結核（TB）ゲノムワイド関連研究（GWAS）のデータを利用して、バイオインフォマティクスパイプラインを使用して、以前は結合不均衡（LD）のすべての多型を検出し、以前は結核疾患感受性に関与していました。これらのバリアントが予測された調節機能を有する確率は、RegulomedBおよびEnsemblのバリアント効果予測因子を使用して推定されました。これらの133の予測された調節多型のその後のジェノタイピングは、人口ベースのケースコントロール協会研究で、400の南アフリカのTB症例と366の健康なコントロールで行われ、因果関係を微調整しました。結核感受性と、Marco、IFNGR2、ASHAS2、ACACA、NISCH、およびTLR10にある6つのイントロン多型との関連を検出しました。GWAS後のアプローチは、複数のTB GWASデータセットをリンケージ情報と組み合わせて、この感染症に関連する調節バリアントを特定する可能性を示しています。

Utilizing data from published tuberculosis (TB) genome-wide association studies (GWAS), we use a bioinformatics pipeline to detect all polymorphisms in linkage disequilibrium (LD) with variants previously implicated in TB disease susceptibility. The probability that these variants had a predicted regulatory function was estimated using RegulomeDB and Ensembl's Variant Effect Predictor. Subsequent genotyping of these 133 predicted regulatory polymorphisms was performed in 400 admixed South African TB cases and 366 healthy controls in a population-based case-control association study to fine-map the causal variant. We detected associations between tuberculosis susceptibility and six intronic polymorphisms located in MARCO, IFNGR2, ASHAS2, ACACA, NISCH and TLR10. Our post-GWAS approach demonstrates the feasibility of combining multiple TB GWAS datasets with linkage information to identify regulatory variants associated with this infectious disease.