培養依存および非依存の方法によって評価される職人ミナスチーズの細菌生態学

職人のミナスチーズは、ブラジルのミナスジェレーステートで生産されており、その品種は地理的な起源に従って命名されています（セロ、カナストラ、セラドサリットル、アラキサ、カンポダスヴェルテンテス）。チーズは、生の牛乳と以前のチーズ生産（「ピンゴ」）のホエイで生産されています。ブラジルの職人チーズの経済的および文化的重要性が高いことは、その安全性、品質、出所を確保するための努力を正当化します。この研究の目的は、微生物の多様性の組成と職人のミナスチーズの地理的分布を特徴づけ、その常染色体乳酸酸菌（LAB）微生物叢の特性評価に焦点を当てています。セロ、カナストラ、セラドサリトレ、アラキサ、カンポダスヴェルテンテスの職人ミナスチーズ品種は、培養依存性（培養およびラボシーケンス）および非依存性（繰り返しの外生のパリンドロミック-PCR（REP-PCR）および長さの異質性PCR）によって分析されました。lh-pcr）微生物叢を特徴付ける方法。微生物数はチーズサンプル間でさまざまであり、一部のサンプルは、衛生的な問題に関連する可能性のある大量のコアグラーゼ陽性細菌と大腸菌群を提示しました。すべてのサンプルで、ラボの有病率が観察されました。ラボ系統の16S rRNAシーケンスとRep-PCRは、4種類の4つの属（Lactobacillus、Lactococcus、emlococcus、Weissella）、10種、および種ごとに複数の株を特定しました。Lactobacillusは、すべてのチーズで最も一般的な属でした。LH-PCRは、培養によって特定されていないさらに6種と10種を明らかにし、微生物叢の多様性を完全に特徴付けるために、培養依存と独立の両方の方法を組み合わせることの重要性を強調しました。LH-PCRデータの主成分分析とRep-PCRデータのクラスター分析により、職人のミナスチーズ微生物叢は、その地理的起源だけでなく、チーズファームによっても影響を受けたことが明らかになりました。職人のチーズ農場間の搾乳およびチーズの製造手順における標準化の欠如は、微生物の多様性を説明することができます。

Artisanal Minas cheese is produced in Minas Gerais state, Brazil and its varieties are named according to their geographical origin (Serro, Canastra, Serra do Salitre, Araxá and Campo das Vertentes). The cheese is produced with raw cow's milk and the whey from the previous cheese production ("pingo"). The high economic and cultural importance of artisanal cheese in Brazil justifies the efforts to ensure its safety, quality and provenance. This study aimed to characterize the microbial diversity composition, and geographical distribution of artisanal Minas cheese, focusing on the characterization of its autochthonous lactic acid bacteria (LAB) microbiota. Artisanal Minas cheese varieties from Serro, Canastra, Serra do Salitre, Araxá and Campo das Vertentes were analyzed by culture-dependent (culturing and LAB sequencing) and -independent (repetitive extragenic palindromic-PCR (rep-PCR) and length heterogeneity-PCR, LH-PCR) methods to characterize the microbiota. The microbial counts were variable between cheese samples, and some samples presented high number of coagulase positive bacteria and coliforms that may be associated with hygienic issues. In all samples was observed a prevalence of LAB. 16S rRNA sequencing and rep-PCR of the LAB strains identified four genus (Lactobacillus, Lactococcus, Enterococcus and Weissella), ten species and more than one strain per species. Lactobacillus was the most prevalent genera in all the cheeses. LH-PCR revealed a further six genera and ten species that were not identified by culturing, highlighting the importance of combining both culture-dependent and -independent methods to fully characterize microbiota diversity. Principal component analysis of the LH-PCR data and cluster analysis of rep-PCR data revealed that the artisanal Minas cheese microbiota was influenced not only by their geographical origin but also by the cheese farm. The lack of standardization in the milking and cheese manufacturing procedures between artisanal cheese farms could explain the microbial diversity.