Gepia：癌と正常な遺伝子発現プロファイリングとインタラクティブな分析のためのWebサーバー

TCGAやGTEXなどの大規模なコンソーシアムプロジェクトによって膨大な量のRNAシーケンスデータが生成され、データマイニングの新しい機会と遺伝子機能のより深い理解を生み出しています。特定の既存のWebサーバーは貴重で広く使用されていますが、実験的な生物学者が必要とする多くの表現分析機能は、これらのツールによってまだ適切に対処されていません。TCGAおよびGTEXデータに基づいて高速でカスタマイズ可能な機能を提供するWebベースのツールであるGepia（Gene Expression Profiling Interactive Analysis）を紹介します。GEPIAは、差動発現分析、プロファイリングプロット、相関分析、患者の生存分析、同様の遺伝子検出、次元還元分析など、重要なインタラクティブでカスタマイズ可能な機能を提供します。Gepiaを介して単純なクリックを使用した包括的な表現分析は、幅広い研究分野でのデータマイニング、科学的議論、治療の発見プロセスを大幅に促進します。Gepiaは、がんゲノミクスのビッグデータとエンドユーザーへの統合情報の提供とのギャップを埋め、現在のデータリソースの価値を解き放つのに役立ちます。Gepiaはhttp://gepia.cancer-pku.cn/で入手できます。

Tremendous amount of RNA sequencing data have been produced by large consortium projects such as TCGA and GTEx, creating new opportunities for data mining and deeper understanding of gene functions. While certain existing web servers are valuable and widely used, many expression analysis functions needed by experimental biologists are still not adequately addressed by these tools. We introduce GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis), a web-based tool to deliver fast and customizable functionalities based on TCGA and GTEx data. GEPIA provides key interactive and customizable functions including differential expression analysis, profiling plotting, correlation analysis, patient survival analysis, similar gene detection and dimensionality reduction analysis. The comprehensive expression analyses with simple clicking through GEPIA greatly facilitate data mining in wide research areas, scientific discussion and the therapeutic discovery process. GEPIA fills in the gap between cancer genomics big data and the delivery of integrated information to end users, thus helping unleash the value of the current data resources. GEPIA is available at http://gepia.cancer-pku.cn/.