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Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)20170101Vol.1580issue()

Ago-Appを使用したアルゴノートタンパク質複合体のペプチドベースの分離

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

Argonaute(Ago)タンパク質は、マイクロRNA(miRNA)や短い干渉RNA(siRNA)などの小さなRNAに結合し、転写後遺伝子サイレンシングのために異なるmRNAに導きます。哺乳類のmiRNA誘導遺伝子サイレンシング経路は、主に翻訳の抑制とmRNAの不安定化につながります。これらのプロセスを促進するために、タンパク質はGWタンパク質ファミリーのメンバーを結合し、下流エフェクタータンパク質の動員のための中央相互作用プラットフォームを形成します。GWタンパク質は、トリプトファン残基(W)を使用して、前のタンパク質の表面に結合します。この高い親和性相互作用は、短いGST融合GWペプチドが生化学的プルダウン実験で使用されると保持されます。結合界面はさまざまなパラログと異なる種の間で保存されているため、APPは、保存されたmiRNA経路を持つ種のサンプルを使用して、タンパク質と関連する小さなRNAを浄化する普遍的なツールを表しています。

Argonaute(Ago)タンパク質は、マイクロRNA(miRNA)や短い干渉RNA(siRNA)などの小さなRNAに結合し、転写後遺伝子サイレンシングのために異なるmRNAに導きます。哺乳類のmiRNA誘導遺伝子サイレンシング経路は、主に翻訳の抑制とmRNAの不安定化につながります。これらのプロセスを促進するために、タンパク質はGWタンパク質ファミリーのメンバーを結合し、下流エフェクタータンパク質の動員のための中央相互作用プラットフォームを形成します。GWタンパク質は、トリプトファン残基(W)を使用して、前のタンパク質の表面に結合します。この高い親和性相互作用は、短いGST融合GWペプチドが生化学的プルダウン実験で使用されると保持されます。結合界面はさまざまなパラログと異なる種の間で保存されているため、APPは、保存されたmiRNA経路を持つ種のサンプルを使用して、タンパク質と関連する小さなRNAを浄化する普遍的なツールを表しています。

Argonaute (Ago) proteins bind small RNAs such as microRNAs (miRNAs) or short interfering RNAs (siRNAs), which guide them to distinct mRNAs for post-transcriptional gene silencing. Mammalian miRNA-guided gene silencing pathways mainly lead to translational repression and mRNA destabilization. To facilitate these processes, Ago proteins bind members of the GW protein family, which form central interaction platforms for the recruitment of downstream effector proteins. GW proteins use tryptophane residues (W) to bind to the surface of Ago proteins. This high affinity interaction is retained when a short, GST-fused GW peptide is used in biochemical pull-down experiments-an approach referred to as "Ago Affinity Purification by Peptides" (Ago-APP). Since the binding interface is conserved among different paralogues and different species, Ago-APP represents a universal tool to purify Ago proteins and associated small RNAs using samples from species with conserved miRNA pathways.

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