フラビビリダエのメンバーとのペスティウイルスウシウイルス下痢ウイルスの比較

現在トガウイルス科に分類されているペスチウイルス属のメンバーであるウシウイルス性下痢ウイルス (BVDV) の分子的特徴が、フラビウイルス科の特徴に類似しているかどうか調べられました。フラビウイルスと同様に、BVDV は 3' ポリ (A) トラクトが欠損した一本鎖 RNA ゲノム (約 4.3 x 10(6) Mr) を持っています。この RNA は、ウイルス RNA センス (正の極性) でゲノムの長さにまたがる単一のオープン リーディング フレームを持ち、前駆体ポリタンパク質のプロセシングを含む発現戦略を意味します。2 つの非構造タンパク質内のいくつかの短いが重要な同一アミノ酸の範囲を除いて、BVDV と蚊媒介フラビウイルスの 3 つの血清学的サブグループの代表との間に、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列の相同性の拡張領域は認められませんでした。しかし、ゲノムに沿ったタンパク質コードドメインの構成とアミノ酸配列のハイドロパシープロファイルを比較すると、顕著な類似性が明らかになりました。BVDV がプロトタイプメンバーであるペスチウイルスは、もはやトガウイルス科に分類されるべきではなく、フラビウイルス科内の非節足動物媒介ウイルスの属とみなされるべきであると提案されています。

The molecular features of bovine viral diarrhoea virus (BVDV), a member of the Pestivirus genus currently classified in the Togaviridae, were examined for characteristics resembling those of the Flaviviridae family. Like flaviviruses, BVDV possesses a single-stranded RNA genome (approx. 4.3 x 10(6) Mr) deficient in a 3' poly(A) tract. This RNA has a single open reading frame spanning the length of the genome in the viral RNA sense (positive polarity), implying an expression strategy involving the processing of a precursor polyprotein. With the exception of several short but significant stretches of identical amino acids within two non-structural proteins, no extended regions of nucleotide or amino acid sequence homology between BVDV and representatives of three serological subgroups of mosquito-borne flaviviruses were noted. However, comparison of the organization of protein-coding domains along the genomes and the hydropathic profiles of amino acid sequences revealed pronounced similarities. It is proposed that Pestivirus, of which BVDV is the prototype member, should no longer be grouped in the Togaviridae family, but rather be considered a genus of non-arthropod-borne viruses within the Flaviviridae.