結合性インクプラスミド移動の起源：プラスミドエンコード産物との相互作用および弛緩部位でのヌクレオチド配列

共役移動複製の開始に関与するタンパク質DNA相互作用を特徴付けるために、乱雑なINCPプラスミドRP4およびR751の移動起源（ORIT）を分離および分析しました。ORITの本質的な特徴は保存されています：対称配列繰り返し、NICサイト、および2つのTRAオペロンの異なる転写を可能にする潜在的なプロモーター部位のペア。リラクゼーションニックと19 bpの逆繰り返し繰り返しの終わりは、8つのベースペアによって散在しています。ニックの5'末端ヌクレオチドは、アルカリ耐性残基によって修飾され、3'-ヌクレオチドはDNAポリメラーゼIによって伸長にアクセスできます。ORITに隣接するマップ。これらの製品のうち2つ、TrajとTrakは、相同oritのみに特異性を付与します。タンパク質TrajとTrakは、RP4およびR751移動機械の唯一の成分であり、交換できません。特定の弛緩には、トラージと少なくとも2つの追加のプラスミドエンコード産物が必要です。RP4の精製されたTrajタンパク質は、ORIT結合能力を持っています。認識シーケンスには、19 bpの逆繰り返し反復の右腕内にあるパリンドロームシーケンスが含まれています。Traj結合部位とNICサイトは、DNA二重らせんの片側にあります。この核タンパク質構造は、機能性リラキソームのアセンブリへの経路の初期複合体であると思います。

To characterize protein-DNA interactions involved in the initiation of conjugative transfer replication we isolated and dissected the transfer origins (oriT) of the promiscuous IncP plasmids RP4 and R751. Essential features of oriT are conserved: symmetric sequence repeats, the nic site and a pair of potential promoter sites that allow for divergent transcription of two tra operons. The relaxation nick and the end of a 19 bp inverted repeat are interspaced by eight basepairs. The 5'-terminal nucleotide at the nick is modified by an alkali-resistant residue and the 3'-nucleotide is accessible to extension by DNA polymerase I. Transfer gene products essential for the formation of the initiation complex (relaxosome) of conjugative DNA synthesis map adjacent to oriT. Two of these products, TraJ and TraK confer specificity to their homologous oriT exclusively. Proteins TraJ and TraK are the only components of the RP4 and R751 transfer machinery which cannot be interchanged. TraJ and at least two additional plasmid-encoded products are necessary for specific relaxation. The purified TraJ protein of RP4 possesses oriT-binding ability. The recognition sequence contains a palindromic sequence located within the right arm of the 19 bp inverted repeat. The TraJ binding site and the nic site are located on one side of the DNA double helix. We presume that this nucleoprotein structure is the initial complex in the pathway to the assembly of functional relaxosomes.