Panweb：汎遺伝子分析のためのWebインターフェイス

次世代シーケンス（NGS）の出現以来、ゲノムデータの生産が増加したため、比較ゲノミクスなどの新しいバイオインフォマティクスツールと分野を開発する必要がありました。比較ゲノミクスでは、生物の遺伝物質は、生物種をよりよく理解するために、他の生物の遺伝物質と直接比較されます。さらに、堆積した原核生物ゲノムの指数関数的に増加している数により、特定の種に固有のいくつかのゲノム特性の調査が可能になりました。したがって、汎遺伝子と呼ばれる比較ゲノミクスへの新しいアプローチが開発されました。汎遺伝子では、同じ種または属のさまざまな生物が比較されます。現在、PGAP（パンゲノム分析パイプライン）、PANSEQ（パンゲノムシーケンス分析プログラム）、PGAT（原核生物ゲノム分析ツール）など、パンゲノム分析を実行できる多くのツールがあります。これらのソフトウェアツールの中で、PGAPはPerlスクリプト言語で開発され、UNIXプラットフォーム端子への依存と、広範なパラメーター化されたコマンドラインの要件は、以前の計算知識がないユーザーにとって問題になる可能性があります。したがって、この研究の目的は、PGAPのグラフィカルインターフェイスとして機能するPanwebとして知られるWebアプリケーションを開発することでした。さらに、PGAPパイプラインの出力ファイルを使用して、アプリケーションはRプログラミング言語でカスタム開発されたスクリプトを使用してグラフィックを生成します。Panwebはhttp://www.computationalbiology.ufpa.br/panwebで無料で入手できます。

With increased production of genomic data since the advent of next-generation sequencing (NGS), there has been a need to develop new bioinformatics tools and areas, such as comparative genomics. In comparative genomics, the genetic material of an organism is directly compared to that of another organism to better understand biological species. Moreover, the exponentially growing number of deposited prokaryote genomes has enabled the investigation of several genomic characteristics that are intrinsic to certain species. Thus, a new approach to comparative genomics, termed pan-genomics, was developed. In pan-genomics, various organisms of the same species or genus are compared. Currently, there are many tools that can perform pan-genomic analyses, such as PGAP (Pan-Genome Analysis Pipeline), Panseq (Pan-Genome Sequence Analysis Program) and PGAT (Prokaryotic Genome Analysis Tool). Among these software tools, PGAP was developed in the Perl scripting language and its reliance on UNIX platform terminals and its requirement for an extensive parameterized command line can become a problem for users without previous computational knowledge. Thus, the aim of this study was to develop a web application, known as PanWeb, that serves as a graphical interface for PGAP. In addition, using the output files of the PGAP pipeline, the application generates graphics using custom-developed scripts in the R programming language. PanWeb is freely available at http://www.computationalbiology.ufpa.br/panweb.